基因和基因產(chǎn)物并不是單獨運作的,而是參與了相互關(guān)聯(lián)的復(fù)雜通路、網(wǎng)絡(luò)和分子系統(tǒng),這些合在一起實現(xiàn)了細(xì)胞、組織和生物體的運作。定義這些系統(tǒng)并確定它們的特征和相互作用,對于了解生物系統(tǒng)如何運作至關(guān)重要。”為了推動科學(xué)發(fā)現(xiàn),科學(xué)家們需要各種能夠幫助多方位了解其樣本的潛在生物復(fù)雜性的研究工具。對于越來越多的研究人員來說,單細(xì)胞RNA測序和單細(xì)胞多組學(xué)——即在單細(xì)胞分辨率下對基因表達(dá)及其他基于DNA、RNA或蛋白質(zhì)的分析物進(jìn)行定量分析的基因組方法——在幫助解決他們面臨的生物學(xué)問題上已證實是行之有效的。烈冰實驗室包含從樣本處理到測序下機(jī)的全套實驗平臺。天津10X單細(xì)胞測序平臺
多樣本數(shù)據(jù)合并:FractionofReadsKept:合并樣本時,各樣本根據(jù)MappedBarcodedReadsperCell數(shù)量計算出來的數(shù)據(jù)利用率。如果各樣本間該參數(shù)值相差很大,需要進(jìn)行Downsample處理,以數(shù)據(jù)量少的樣本為基準(zhǔn)將不同樣本中細(xì)胞測序深度標(biāo)化到同一水平,從而避免因測序深度差異導(dǎo)致的基因檢測數(shù)量、基因表達(dá)水平的差異。烈冰科技自主研發(fā)的單細(xì)胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù),深度解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果,深入挖掘其背后的生物學(xué)意義;從操作便捷、結(jié)果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細(xì)胞研究,加速科研進(jìn)程!二代測序單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析烈冰引進(jìn)國際主流單細(xì)胞和空間轉(zhuǎn)錄組測序平臺,保障細(xì)胞精度的前提下提供組織內(nèi)部精細(xì)區(qū)域的空間信息。
一味的追求高細(xì)胞數(shù)量的捕獲,小心得不償失,原因在這:單細(xì)胞測序所有的分析都是基于細(xì)胞聚類進(jìn)行,而細(xì)胞聚類是在區(qū)分cell和non-cell后,獲得細(xì)胞基因表達(dá)譜,通過降維(pca),無監(jiān)督聚類以及可視化(t-SNE)得到的。進(jìn)行細(xì)胞聚類時需要考慮到每個細(xì)胞的基因表達(dá)模式,因此即使是相同的數(shù)據(jù),在剔除幾個細(xì)胞的情況下,前后獲得的聚類圖也會出現(xiàn)明顯不同。而當(dāng)細(xì)胞捕獲數(shù)過多時,無論是假陰性和假陽性數(shù)據(jù)還是多細(xì)胞數(shù)據(jù),都會對正常細(xì)胞聚類產(chǎn)生影響,造成聚類結(jié)果失真。這也是很多文章,特別是很多高分文章,為什么單個樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在2000-3000的原因了。烈冰建議單個樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在3000-5000個時,數(shù)據(jù)量在100G左右時,可以滿足分析和文章發(fā)表的多重需求。
為什么需要單細(xì)胞分辨率?生物學(xué)就像宇宙一樣。它非常復(fù)雜,有許多獨特的單體,也就是細(xì)胞。這些細(xì)胞相互作用并扮演不同的角色,在更大的體系中構(gòu)建并驅(qū)動多個過程。就像伽利略探索宇宙的努力一樣,發(fā)現(xiàn)和定義這些細(xì)胞也需要高分辨率的工具,才能解開促成生物學(xué)復(fù)雜性的基因表達(dá)異質(zhì)性。單細(xì)胞測序能夠在以一個細(xì)胞為功能單位中開展生物學(xué)研究,闡明具體細(xì)節(jié),構(gòu)建出一幅更大、更精細(xì)的圖譜,說明導(dǎo)致產(chǎn)生某種外在表型的不同類型的分子和細(xì)胞之間是如何相互作用的:患者為什么會復(fù)發(fā)?是什么讓這種疫苗能夠有效防止傳染等等諸多問題。烈冰科技已建立了多種國際和國內(nèi)主流的高通量測序?qū)嶒炂脚_。
對于單細(xì)胞測序而言,常常需要先構(gòu)建細(xì)胞圖譜,在此基礎(chǔ)上再開展后續(xù)各項分析,并且數(shù)據(jù)分析時以細(xì)胞聚類(cellcluster)為討論對象,而不是像常規(guī)Bulk測序一樣以組別為分析對象,因此單細(xì)胞測序項目對樣本入組要求沒有Bulk測序那樣嚴(yán)格,但是單細(xì)胞測序,特別是目的為圖譜研究時,需要通過提高樣本復(fù)雜度(增加樣本數(shù)),盡可能的構(gòu)建某一疾病類型、群體細(xì)胞圖譜信息。因此,單細(xì)胞測序?qū)嶒炘O(shè)計時首先需要保證生物學(xué)重復(fù),不同樣本來源的樣本建議單獨進(jìn)行細(xì)胞解離和捕獲、建庫、測序,以保證捕獲到足夠的細(xì)胞數(shù),單個樣本分別捕獲細(xì)胞時,后續(xù)分析除了整體分析以外,還可以做單樣本分析,保證分析的完備準(zhǔn)確性。測序可準(zhǔn)確地分析基因表達(dá)差異、基因結(jié)構(gòu)變異、篩選分子標(biāo)記(SNPs或SSR)等生命科學(xué)重要問題。蘇州高通量測序單細(xì)胞測序價格
個性化制定測序項目方面,滿足從檢測基因到蛋白的多組學(xué)測序要求。天津10X單細(xì)胞測序平臺
單細(xì)胞多組學(xué)提升見解基于測序的數(shù)據(jù)能夠?qū)⒄蔑@其強(qiáng)大之處,因為它能夠了解同一單細(xì)胞的多種生物分析指標(biāo)。如果說單細(xì)胞基因表達(dá)提供了一種顏色的詳細(xì)信息,那么單細(xì)胞多組學(xué)提供了同一細(xì)節(jié)的全彩色圖譜,為您帶來樣本的真實視圖。烈冰2021年強(qiáng)勢引進(jìn)的10xGenomicsChromium單細(xì)胞平臺能夠從同一單細(xì)胞中讀取細(xì)胞復(fù)雜性的多組學(xué)特征。與傳統(tǒng)方法不同,單細(xì)胞多組學(xué)簡化了您需要開展的實驗,也節(jié)省了您需要分析的樣本,而能獲得相同的結(jié)果。這不但節(jié)省了寶貴的樣本,還保證了更高的生物學(xué)準(zhǔn)確性,因為您不需要匹配拆分樣本的數(shù)據(jù)集并通過計算來推斷各個組學(xué)之間的關(guān)系。天津10X單細(xì)胞測序平臺
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