對于單細(xì)胞測序而言,常常需要先構(gòu)建細(xì)胞圖譜,在此基礎(chǔ)上再開展后續(xù)各項分析,并且數(shù)據(jù)分析時以細(xì)胞聚類(cell cluster)為討論對象,而不是像常規(guī)Bulk測序一樣以組別為分析對象,因此單細(xì)胞測序項目對樣本入組要求沒有Bulk測序那樣嚴(yán)格,但是單細(xì)胞測序,特別是目的為圖譜研究時,需要通過提高樣本復(fù)雜度(增加樣本數(shù)),盡可能的構(gòu)建某一疾病類型、群體細(xì)胞圖譜信息。因此,單細(xì)胞測序?qū)嶒炘O(shè)計時首先需要保證生物學(xué)重復(fù),不同樣本來源的樣本建議單獨進行細(xì)胞解離和捕獲、建庫、測序,以保證捕獲到足夠的細(xì)胞數(shù),單個樣本分別捕獲細(xì)胞時,后續(xù)分析除了整體分析以外,還可以做單樣本分析,保證分析的完備準(zhǔn)確性。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組技術(shù)在多個研究領(lǐng)域都發(fā)揮了重要的推進作用,揭示了組織中微量的細(xì)胞類型和基因表達(dá)特征。廣州單細(xì)胞多組學(xué)多組學(xué)測序
單細(xì)胞多組學(xué)測序技術(shù)的發(fā)展依賴于各種單一組學(xué)檢測技術(shù)的完善,但即使在單細(xì)胞測序技術(shù)迅速發(fā)展的情況下,在單細(xì)胞水平協(xié)同檢測多個不同的分子層面仍然非常具有挑戰(zhàn)性.每一種組學(xué)都有不同的特性和測量方法,這些方法在敏感性、特異性、通量和適用性上都有所不同.因此,在單細(xì)胞水平對多種組學(xué)方法進行整合和應(yīng)用時,需要在策略上做出改進,以保證各組學(xué)間的上游建庫以及下游生物信息分析均能良好地兼容,同時也要明確技術(shù)的局限性及其對研究結(jié)果的潛在影響。蘇州single cell 單細(xì)胞多組學(xué)單細(xì)胞多組學(xué)對不同組學(xué)技術(shù)產(chǎn)生的數(shù)據(jù)進行整合分析有助于更刻畫細(xì)胞內(nèi)的基因調(diào)控狀態(tài)、揭示調(diào)控機制。
BDRhapsody單細(xì)胞分選系統(tǒng)集成了熒光顯微成像系統(tǒng),可以對不同熒光標(biāo)記的細(xì)胞進行檢測并計數(shù)。在進行質(zhì)量評估之前,首先要將細(xì)胞的培養(yǎng)體系更換成上機所需的Buffer。在這個過程中,需要進行多次離心、重懸操作,烈冰Novelbio單細(xì)胞實驗團隊推薦采用水平轉(zhuǎn)子離心機來進行這步操作。這種離心機可以有效減少細(xì)胞在多次更換Buffer過程中的損失,尤其是對于細(xì)胞量較少的樣本來說,顯得非常有必要。更換完Buffer之后,還需要將細(xì)胞進行過篩操作,去除較大的細(xì)胞團,獲得較為純凈的單細(xì)胞懸液。
單細(xì)胞測序?qū)嶒炘贅颖炯?xì)胞上機分選簽,需要對細(xì)胞數(shù)量、細(xì)胞活性進行準(zhǔn)確判斷,這對SingleCell分選標(biāo)記、建庫、下機數(shù)據(jù)的質(zhì)量都具有著決定性的作用。如若細(xì)胞計數(shù)偏高,將會影響建庫的成功率;計數(shù)偏低,則會顯著提高雙細(xì)胞的比例;而細(xì)胞活率過低,就會使測序數(shù)據(jù)的利用率大打折扣,因此把好單細(xì)胞懸液質(zhì)量這一關(guān)尤為重要。而在鋪板過程中,由于不同操作人員手法具有不可避免的差異,不同的液體流速將直接影響單細(xì)胞的入孔效果。因此烈冰生物BDRhapsody單細(xì)胞分選平臺配套了專門定制的電動移液器,其具有PrimeTreat、CellLoad、BeadLoad、Wash、Lysis、Retrieval多種操作模式,來對應(yīng)各種不同的操作。通過已經(jīng)設(shè)定的程序來控制液體的流速,大幅度降低人為操作習(xí)慣帶來的差異,保證實驗操作的一致性。單細(xì)胞多組學(xué)數(shù)據(jù)整合的一大挑戰(zhàn)在于不同組學(xué)的特征空間存在差異。
烈冰生物已空間轉(zhuǎn)錄組測序服務(wù)提供從一個組織切片樣本中獲取包括空間信息在內(nèi)的全部轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),從而可以區(qū)分和定位功能基因在特定組織區(qū)域內(nèi)的活躍表達(dá)。其可以檢測組織樣本中的所有基因活動,并繪制活動發(fā)生的位置,這將有助于科學(xué)家更好地構(gòu)建生物圖譜,并進一步理解疾病和生物學(xué)過程。目前,空間轉(zhuǎn)錄組主要應(yīng)用于多種疾病、免疫、發(fā)育、神經(jīng)和病理學(xué)等研究領(lǐng)域。烈冰生物具有專業(yè)的實驗團隊、豐富的切片經(jīng)驗,配置了國際主流的儀器設(shè)備,實驗團隊針對不同組織類型優(yōu)化完善實驗方案,并制定了嚴(yán)謹(jǐn)規(guī)范的實驗室SOP流程,保證空間轉(zhuǎn)錄組切片的質(zhì)量,全優(yōu)保障測序數(shù)據(jù)質(zhì)量。烈冰生物為您提供一站式全流程單細(xì)胞測序服務(wù)。北京高通量測序單細(xì)胞多組學(xué)測序
單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)可在同一細(xì)胞中捕獲分析兩種以上的組學(xué)信息,包括轉(zhuǎn)錄組、基因組、表觀基因組、蛋白組等。廣州單細(xì)胞多組學(xué)多組學(xué)測序
烈冰生信團隊傾情研發(fā)的NovelBrain®生信大數(shù)據(jù)分析平臺,可實現(xiàn)零代碼操作、簡單方便:單細(xì)胞瀏覽器的操作簡單,不需要命令行操作。簡單拖拽、設(shè)置參數(shù)即可運行,即使生信0基礎(chǔ)用戶也可以運用自如;可視化展示海量結(jié)果文件:可視化展示Cluster的基因數(shù),UMI數(shù)量、線粒體RNA占比信息;以及不同Cluster對應(yīng)的細(xì)胞數(shù)量、基因表達(dá)量、RNA表達(dá)量、樣本細(xì)胞分布、線粒體RNA表達(dá)量等;3D立體展示,文章動圖先人一步:單細(xì)胞瀏覽器針對t-SNE圖、UMAP圖和pseudotime結(jié)果進行三維立體展示,更加直觀立體的觀察細(xì)胞分布和聚類情況。廣州單細(xì)胞多組學(xué)多組學(xué)測序
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