所謂的高通量測(cè)序技術(shù),又名大規(guī)模平行測(cè)序,是將DNA(或者cDNA)隨機(jī)片段化、加接頭,制備測(cè)序文庫(kù),通過(guò)對(duì)文庫(kù)中數(shù)以萬(wàn)計(jì)的克隆(colony)進(jìn)行延伸反應(yīng),檢測(cè)對(duì)應(yīng)的信號(hào)并獲取序列信息。與傳統(tǒng)測(cè)序法相比,高通量測(cè)序技術(shù)在處理大規(guī)模樣品時(shí)具有強(qiáng)大的優(yōu)勢(shì),又快(兩天)又多(數(shù)百萬(wàn)克?。蔀槟壳敖M學(xué)研究的主要技術(shù)??臻g轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是一個(gè)系統(tǒng)的工程,開(kāi)展項(xiàng)目前您可能會(huì)先評(píng)估它提供的見(jiàn)解是否與您的研究問(wèn)題相匹配,如果匹配,實(shí)驗(yàn)過(guò)程如何規(guī)劃,實(shí)驗(yàn)平臺(tái)如何選擇,樣本如何制備,數(shù)據(jù)如何分析等等,而在這一切開(kāi)始之前,我們的服務(wù)就已經(jīng)開(kāi)始了,從銷售到實(shí)驗(yàn)到專業(yè)技術(shù)支持,我們開(kāi)通全線對(duì)接渠道,幫助您快速定位項(xiàng)目訴求,提供從實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)到文章發(fā)表的全流程,我們始終是您貼心的科學(xué)合作伙伴??臻g轉(zhuǎn)錄組可展示組織切片中不同區(qū)域的基因表達(dá)情況,揭示精細(xì)病理區(qū)域的信號(hào)通路。西安BD Rhapsody空間轉(zhuǎn)錄組服務(wù)機(jī)構(gòu)
多樣本數(shù)據(jù)合并:FractionofReadsKept:合并樣本時(shí),各樣本根據(jù)MappedBarcodedReadsperCell數(shù)量計(jì)算出來(lái)的數(shù)據(jù)利用率。如果各樣本間該參數(shù)值相差很大,需要進(jìn)行Downsample處理,以數(shù)據(jù)量少的樣本為基準(zhǔn)將不同樣本中細(xì)胞測(cè)序深度標(biāo)化到同一水平,從而避免因測(cè)序深度差異導(dǎo)致的基因檢測(cè)數(shù)量、基因表達(dá)水平的差異。烈冰科技自主研發(fā)的單細(xì)胞云平臺(tái)致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù),深入解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果,深入挖掘其背后的生物學(xué)意義;從操作便捷、結(jié)果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細(xì)胞研究,加速科研進(jìn)程!上海烈冰空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序價(jià)格烈冰引進(jìn)國(guó)際主流空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序平臺(tái),提供保留組織內(nèi)部精細(xì)區(qū)域的空間信息的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。
10xGenomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫(kù)構(gòu)建的每張載玻片上有四個(gè)捕獲區(qū)域,每個(gè)捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm,包含5000個(gè)被條形碼標(biāo)記的點(diǎn)(barcodedspots),每個(gè)點(diǎn)的直徑為55μm,點(diǎn)和點(diǎn)之間中心的距離為100μm,并且每個(gè)點(diǎn)都有一個(gè)barcode序列。組織切片的細(xì)胞中會(huì)釋放出mRNA,遷移到每個(gè)spot的mRNA會(huì)被標(biāo)記上相應(yīng)的barcode序列,然后進(jìn)行文庫(kù)構(gòu)建并進(jìn)行測(cè)序。根據(jù)數(shù)據(jù)的條形碼信息對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,以確定哪些數(shù)據(jù)來(lái)自哪個(gè)位置,從而實(shí)現(xiàn)空間基因表達(dá)的可視化。
細(xì)胞在組織樣本中的相對(duì)空間位置關(guān)系對(duì)于了解疾病病理學(xué)非常重要。但是scRNA-Seq在單細(xì)胞懸液制備的過(guò)程中破壞了細(xì)胞的空間結(jié)構(gòu),無(wú)法給出固態(tài)異質(zhì)化組織中細(xì)胞空間排布信息。而空間轉(zhuǎn)錄組可以解決這個(gè)問(wèn)題,通過(guò)記錄組織切片細(xì)胞的空間信息,捕獲組織切片中的組織學(xué)信息;通過(guò)免疫熒光進(jìn)行蛋白組檢測(cè),將基因表達(dá)譜映射回組織樣本中的原始位置,同時(shí)獲得細(xì)胞/基因的空間表達(dá)特異性。該技術(shù)可以為神經(jīng)科學(xué),發(fā)育生物學(xué),免疫生理學(xué)等領(lǐng)域的研究提供組織和基因表達(dá)情況的新視角。十二年測(cè)序經(jīng)驗(yàn),累計(jì)服務(wù)與5000余項(xiàng)重要科研項(xiàng)目。
細(xì)胞中基因的表達(dá)是嚴(yán)格按照時(shí)間和空間順序發(fā)生,因此細(xì)胞類型和基因表達(dá)具有時(shí)間特異性和空間特異性。時(shí)間特異性可以通過(guò)收集不同時(shí)間點(diǎn)的樣本進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序來(lái)分析。但是單細(xì)胞測(cè)序結(jié)果動(dòng)輒上百G數(shù)據(jù)量,龐大的數(shù)據(jù)對(duì)于分析平臺(tái)和分析能力有著很高的要求,單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(scRNA-Seq)在單細(xì)胞懸液制備的過(guò)程中破壞了細(xì)胞的空間結(jié)構(gòu),無(wú)法給出固態(tài)異質(zhì)化組織中細(xì)胞空間排布信息。而空間轉(zhuǎn)錄組可以解決這個(gè)問(wèn)題,其以點(diǎn)陣形式記錄組織切片細(xì)胞的空間信息。烈冰開(kāi)展了空間轉(zhuǎn)錄組、單細(xì)胞多組學(xué)以及空間轉(zhuǎn)錄組等多種產(chǎn)品在內(nèi)的全套科研解決方案。成都BD Rhapsody空間轉(zhuǎn)錄組多組學(xué)測(cè)序
烈冰智造空間轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞捕獲,媲美國(guó)際主流的單細(xì)胞平臺(tái)。西安BD Rhapsody空間轉(zhuǎn)錄組服務(wù)機(jī)構(gòu)
空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的數(shù)據(jù)分析基本分為三個(gè)階段:1.數(shù)據(jù)的預(yù)處理部分;2.Spot點(diǎn)陣的分群與定義;3.Spot分群的功能與生物學(xué)價(jià)值。每一個(gè)部分都不可或缺,其結(jié)果都對(duì)后續(xù)的分析結(jié)果有重要影響。由于空間轉(zhuǎn)錄組的序列結(jié)構(gòu)與單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的左端序列結(jié)構(gòu)是非常接近的,都是Cellbarcode/SpotBarcode+UMI+捕獲區(qū)域這樣的設(shè)計(jì)。右端普遍為捕獲的RNA序列。因此采用單細(xì)胞的原始數(shù)據(jù)過(guò)濾策略即可,左端可以考慮切下捕獲區(qū)域前的序列區(qū)域作為后續(xù)分析用的序列以減少分析負(fù)荷。隨后,采用10X官方的Spatialranger的策略進(jìn)行后續(xù)分析,解析出位于空間位置中的有效的Spot表達(dá)矩陣。西安BD Rhapsody空間轉(zhuǎn)錄組服務(wù)機(jī)構(gòu)
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司是一家有著雄厚實(shí)力背景、信譽(yù)可靠、勵(lì)精圖治、展望未來(lái)、有夢(mèng)想有目標(biāo),有組織有體系的公司,堅(jiān)持于帶領(lǐng)員工在未來(lái)的道路上大放光明,攜手共畫藍(lán)圖,在上海市等地區(qū)的醫(yī)藥健康行業(yè)中積累了大批忠誠(chéng)的客戶粉絲源,也收獲了良好的用戶口碑,為公司的發(fā)展奠定的良好的行業(yè)基礎(chǔ),也希望未來(lái)公司能成為*****,努力為行業(yè)領(lǐng)域的發(fā)展奉獻(xiàn)出自己的一份力量,我們相信精益求精的工作態(tài)度和不斷的完善創(chuàng)新理念以及自強(qiáng)不息,斗志昂揚(yáng)的的企業(yè)精神將**上海烈冰生物醫(yī)藥科技供應(yīng)和您一起攜手步入輝煌,共創(chuàng)佳績(jī),一直以來(lái),公司貫徹執(zhí)行科學(xué)管理、創(chuàng)新發(fā)展、誠(chéng)實(shí)守信的方針,員工精誠(chéng)努力,協(xié)同奮取,以品質(zhì)、服務(wù)來(lái)贏得市場(chǎng),我們一直在路上!