圖2MAZTER-Seq實驗流程圖圖3MAZTER-MINE分析m6A示意圖接下來作者便是要驗證這一新方法的可行性了。在酵母中敲除IME4的情況下,檢測到的剪切效率高于野生型(剪切效率高低m6A水平),m6A抗體富集后的樣品剪切效率也低于未富集的Input組。整體水平可靠,那檢測的特異性位點是否準確呢?作者也將該方法檢測到的新甲基化位點使用放射標記層析檢測,發(fā)現(xiàn)預測的位點準確存在而且與剪切效率相符合。如圖5所示。而圖6中,作者則是與m6A抗體IP的方法進行了比較,也證實了這一方法的可行性。圖5MAZTER-Seq檢測結果驗證圖6MAZTER-Seq與m6A-Seq比較分析此外,后文中作者也在大規(guī)模的CRISPR-Cas9改變m6A狀態(tài)和酵母減數(shù)分裂模型中檢測了MAZTER-Seq這一系統(tǒng);并進一步通過這一方法檢測了哺乳動物不同細胞間m6A水平的保守性;也探究了去甲基化酶FTO對整體m6A甲基化水平的影響等。這里小編主要給大家分享這一新技術,其他部分暫不過多分析了。新的技術能拓展我們的研究內(nèi)容;對于這一技術。建立疾病模型的目的是為了防治人類疾病。湖南大鼠科研技術服務技術
m6A研究又有新手段了?趕緊來了解一下吧!欄目:研究動態(tài)發(fā)布時間:2019-08-14RNA甲基化m6A是如今的研究熱點之一,Cell上新發(fā)表了一篇介紹不使用m6A抗體的檢測mRNAm6A水平的Resource文章......RNA甲基化m6A是如今的研究熱點之一,目前主要的研究思路包括差異表達的write,reader和eraser基因分析;m6A抗體檢測全轉錄組甲基化水平;分析m6A甲基化水平變化的靶基因和下游機制研究。而在7月25日的Cell上新發(fā)表了一篇介紹不使用m6A抗體的檢測mRNAm6A水平的Resource文章,小編時間和大家分享一下。作者開發(fā)這一方法的前提是有研究報道了MazF能特異性的識別無修飾的ACA序列并發(fā)揮RNA酶活性在ACA之前剪切底物。但ACA序列的個A發(fā)生m6A甲基化之后將無法被MazF所識別,如圖一所示。圖1MazFRNA酶作用示意圖根據(jù)這一原理,作者將純化后的mRNA進行MazF酶處理,然后再對打斷的RNA進行逆轉建庫測序。對于無修飾的位點,ACA處被完全剪切,測序reads正好分布于該位點上下游而且比對至該處的上下游reads數(shù)是相同的.如圖2所示。而甲基化位點的reads會包含上下游的序列。作者開發(fā)了MAZTER-MINE軟件包專門進行分析(圖3)。湖南大鼠科研技術服務技術慢病毒載體包含了包裝、轉染、穩(wěn)定整合所需要的遺傳信息。
外泌體生物發(fā)生和神經(jīng)元細胞中分泌小泡的調(diào)節(jié)之間的交集為外泌體和神經(jīng)退行性疾病的發(fā)病機制之間假定的聯(lián)提供了新的見解。與研究外泌體在其他疾病中的作用相比,外泌體中的研究進展迅速,而且外泌體與的幾個主要特征有關。外泌體影響、生長和轉移、副綜合征和耐藥性。外泌體在進展中的作用可能是動態(tài)的,并且與的類型、遺傳學和分期有關。外泌體的應用外泌體用于免疫基于免疫細胞來源的外泌體能夠介導和調(diào)節(jié)機體對的免疫反應,外泌體在免疫方面的潛力受到關注。其中樹枝狀細胞產(chǎn)生的外泌體包含大量的MHC-多肽復合物和免疫刺激相關的分子,能夠相關的T細胞,介導體內(nèi)抗應答,在多個臨床試驗中表現(xiàn)出良好的抗療效。有研究者考察了樹枝狀細胞外泌體對非小細胞肺患者的療效。結果表明,患者對樹枝狀細胞外泌體耐受性良好,1/3患者表現(xiàn)出了對樹枝狀細胞外泌體的T細胞響應,2/4患者自然殺傷細胞活性得以。另有研究者公布了利用自體樹突狀細胞外泌體免疫轉移性黑色素瘤的臨床一期試驗結果,發(fā)現(xiàn)自體樹突狀細胞外泌體無明顯毒性,并且具有刺激自然殺傷細胞的能力。以上臨床試驗證明了外泌體免疫療法的安全性和可行性,為進一步臨床研究奠定了基礎。
如果實驗平臺的儀器需要提前預約,建議提前規(guī)劃好使用的時間。反復總結尋找答案在整個預實驗的過程中可能會出現(xiàn)很多問題。比如造模效果欠佳、灌胃操作不當、腹腔注射操作失誤、使用不當?shù)纫饎游锼劳?。每遇到問題都需要自己想辦法解決,可以從導師、師兄師姐、文獻、貼吧、視頻教程等找到答案。比如筆者曾遇到同樣的給,發(fā)現(xiàn)有的大鼠得很深,有的大鼠還活蹦亂跳,在反復嘗試調(diào)整濃度,給劑量,更換方式,后來才發(fā)現(xiàn)是動物體重秤的準度有問題,導致體重秤得不準。因此,需要自己反復琢磨到底是實驗過程中哪一個環(huán)節(jié)出現(xiàn)問題,逐一排除。也要求在每一個實驗步驟需要標準化,統(tǒng)一化,盡可能的排除干擾因素,這樣方便在遇到問題快的找到答案。同時,建議每日總結,大到動物死亡原因分析,小到灌胃操作耗時多長時間。建議反復總結出每天實驗的優(yōu)缺點。做任何一個操作之前,建議提前腦海中反復模擬,準備好相關工具和試劑,避免臨用之際缺少的,影響實驗操作節(jié)奏和個人心情。筆者曾經(jīng)灌胃操作的時候發(fā)現(xiàn)竟然忘帶了,只好重新回實驗室準備,那真叫一個郁悶。仔細記錄每日實驗過程無論是碩士還是博士,導師給我們上的堂課往往就是交代我們要詳細記好實驗記錄,只要是和實驗相關的??蒲屑夹g服務的具體服務內(nèi)容相當豐富,涵蓋了多個方面。
把膜先用TBST泡洗兩遍再用5%脫脂奶粉或者BSA室溫封閉1-2小時。注意一定要讓蛋白面充分接觸封閉液。2、孵一抗脫脂奶粉封閉的話,要用TBST泡洗三遍再轉移至一抗溶液中,BSA封閉的可以直接轉移至一抗中。如果膜的寬(膜是一個長方形,這里的寬與長相對應)不大于8毫米,我習慣置于15毫升離心管中孵育,兩條膜"背對背"式放置于一個管子里(3毫升液體即可)。如果大于8毫米,就用普通的5格的一抗孵育盒(4毫升即可)。4度過夜,一般是12-18個小時,注意放置水平,用搖床。內(nèi)參等蛋白豐度很高的如果孵久了可能出現(xiàn)條帶連在一起的情況,這時可以縮短孵育時間或者降低一抗的濃度。六、孵二抗顯影1、孵二抗室溫一個小時足矣。這步要注意的是建議用5%BSA或者脫脂奶粉稀釋二抗,這樣背景會干凈許多。也要注意膜的蛋白面要充分接觸二抗溶液,我們一般一條膜一個槽地孵。2、顯影這一步有個細節(jié)可能有些同學沒注意到,就是ECL發(fā)光液要與HRP反應一分鐘后顯影效果才會更好,還有要注意的是顯影液要均勻覆蓋,一般第二次顯影(加新的顯影液)比一次好看??梢詭椭蒲腥藛T深入理解疾病的共同性,即不同物種之間存在的共有病理變化過程。湖南大鼠科研技術服務技術
干貨分享 | PCR反應污染原因追蹤及污染處理方法。湖南大鼠科研技術服務技術
原理以慢病毒包裝為例,主要包括3個質(zhì)粒:質(zhì)粒DNA可以轉錄出慢病毒遺傳物質(zhì)(RNA),但不能翻譯出慢病毒的外殼及蛋白成分的載體質(zhì)粒,其同時含有目的基因和報告基因,psPAX2是可以表達慢病毒外殼的質(zhì)粒,其表達產(chǎn)物可通過粘附機制更易穿過細胞膜。為慢病毒的膜蛋白質(zhì)粒,通過脂質(zhì)體進行三質(zhì)粒共轉到靶細胞基因組中,宿主基因組在表達時,隨宿主基因轉錄出的目的基因RNA與psPAX2、基因翻譯出的蛋白組裝為慢病毒。病毒進入細胞后,其遺傳物質(zhì)RNA逆轉錄出DNA,該基因再整合到靶細胞的基因組中,完成轉染過程。因為質(zhì)粒DNA只能轉錄出病毒RNA和表達目的基因卻不能表達出病毒的外殼和膜蛋白成分,因此其不能像普通的病毒一樣在宿主細胞能反復增殖,故對宿主細胞是無害的并且高效的將目的基因轉染到靶細胞基因組中。用途病毒產(chǎn)生,包裝病毒。材料與儀器無菌1×PBS,對數(shù)期293T細胞,細胞計數(shù)器,病毒質(zhì)粒(以慢病毒為例:psPAX2/),轉染試劑(lipMax或者lipo3000),Polybrene、病毒濃縮液(生物公司有售)等。步驟(1)293T細胞鋪板取對數(shù)生長期的293T細胞,用的胰蛋白酶消化293T細胞,計數(shù)。若是10cm大皿,建議按照10-12×106每皿的數(shù)量將293T細胞均勻鋪入。若是6孔板。湖南大鼠科研技術服務技術