蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用是蛋白質(zhì)發(fā)揮功能的主要機(jī)制之一,在DNA損傷修復(fù),自噬和代謝等過程中都扮演著非常重要的角色,蛋白相互作用異常便會(huì)導(dǎo)致疾病的發(fā)生.在蛋白質(zhì)的賴氨酸,絲氨酸和蘇氨酸等氨基酸殘基上,可發(fā)生甲基化,乙酰化,磷酸化和泛素化等200多種翻譯后修飾,這些修飾通常能改變蛋白質(zhì)的電性,疏水性和空間結(jié)構(gòu)等屬性,為與之結(jié)合的蛋白提供結(jié)合的錨定或產(chǎn)生位阻效應(yīng),像一把開關(guān)在時(shí)空上精確調(diào)控蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用的發(fā)生以及動(dòng)態(tài)變化.結(jié)構(gòu)研究表明,蛋白質(zhì)之間的相互作用通常由臨近的幾個(gè)氨基酸殘基直接結(jié)合,替換該區(qū)域的氨基酸殘基,通常能破壞結(jié)合,使其失去部分功能或酶活性,可以針對(duì)性地開發(fā)和設(shè)計(jì)抑制劑,用于疾病的診療。蛋白質(zhì)翻譯后修飾的作用主要是改變蛋白質(zhì)的定位。浙江亞硝基化修飾蛋白質(zhì)組學(xué)研究

蛋白質(zhì)乙酰化修飾組學(xué)技術(shù)：乙?；揎検求w內(nèi)保守的可逆轉(zhuǎn)的蛋白修飾，對(duì)細(xì)胞核內(nèi)轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子的刺激有著重要的作用。此外，還存在的非組蛋白乙?；揎梾⑴c了代謝通路及代謝酶活性的調(diào)節(jié)。采用肽段預(yù)分離降低高豐度組蛋白對(duì)蛋白乙?；b定的影響，再結(jié)合免疫共沉淀通過抗體富集乙?；碾亩危瑥亩鴮?shí)現(xiàn)乙?；蔫b定及定量。樣品要求：1、SDS-PAGE條帶：5個(gè)以上可見考染條帶。2、溶液（目標(biāo)蛋白質(zhì)）：目標(biāo)蛋白總量>50μg，目標(biāo)蛋白濃度>80%。3、溶液（大規(guī)模混合蛋白質(zhì)）：蛋白總量>1mg，蛋白濃度>1μg/μl。山東蛋白質(zhì)翻譯后修飾組學(xué)質(zhì)譜分析質(zhì)譜可以分辨蛋白質(zhì)修飾前和修飾后分子量上的變化。

蛋白質(zhì)磷酸化修飾組學(xué)：磷酸化蛋白質(zhì)是由蛋白激酶將ATP或GTP分子上的磷酸基團(tuán)轉(zhuǎn)移到底物蛋白特定的氨基酸側(cè)鏈上形成的。蛋白質(zhì)磷酸化是一種可逆的蛋白質(zhì)翻譯后修飾。在哺乳動(dòng)物的細(xì)胞生命周期中，至少有三分之一的蛋白質(zhì)發(fā)生磷酸化修飾。磷酸化修飾參與許多信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑和細(xì)胞代謝過程，且許多已知的疾病也與蛋白質(zhì)的異常磷酸化有關(guān)。因此，對(duì)磷酸化蛋白質(zhì)組進(jìn)行定量研究，尋找差異表達(dá)的磷酸化蛋白質(zhì)，有助于發(fā)現(xiàn)疾病的生物標(biāo)志物和尋找新的具有診療潛力的藥物靶標(biāo)。

蛋白質(zhì)學(xué)組翻譯后修飾的研究策略：自中而下：自中而下的分析方法是自下而上分析方法的一種替代方法，分析組蛋白時(shí)其原理類似于自下而上分析策略。在使用這種分析方法時(shí)，通常需要將被檢測(cè)蛋白質(zhì)消化成3-9kDa范圍內(nèi)的肽段，因此也無法保證檢測(cè)到的肽段的完整性。但是，由于儀器的進(jìn)步和保留了組蛋白尾部的組合修飾，自中而下分析法正逐漸受到歡迎。自中而下更接近于自下而上法的靈敏度。自上而下：自上而下技術(shù)可以直接對(duì)完整的蛋白質(zhì)進(jìn)行測(cè)序，包括翻譯后修飾的蛋白質(zhì)和其他大的蛋白質(zhì)片段，而不只是肽段。這可以比較大程度地保留與PTMs相關(guān)的信息，使其適用于組蛋白的全方面表征和分析。自上而下技術(shù)對(duì)蛋白質(zhì)的有效分辨率已達(dá)到229kDa，一次可以檢測(cè)到的蛋白質(zhì)數(shù)量也在增加。在細(xì)胞中，乙酰化修飾的反應(yīng)由乙?；D(zhuǎn)移酶所催化，將乙酰輔酶A的乙?；D(zhuǎn)移并添加在蛋白質(zhì)賴氨酸殘基上。

蛋白質(zhì)翻譯后修飾：蛋白質(zhì)的翻譯后修飾通過可逆的共價(jià)鍵將小分子或蛋白質(zhì)與底物蛋白質(zhì)上特定的氨基酸結(jié)合，調(diào)控著底物的酶活性、功能以及三級(jí)結(jié)構(gòu)的變化。各種蛋白質(zhì)翻譯后修飾在信號(hào)通路和網(wǎng)絡(luò)中發(fā)揮著重要的作用，翻譯后修飾系統(tǒng)的紊亂將導(dǎo)致一系列疾病的發(fā)生。通過實(shí)驗(yàn)的方法鑒定蛋白質(zhì)翻譯后修飾的位點(diǎn)需要耗費(fèi)大量的資金和時(shí)間，并且酶反應(yīng)的優(yōu)化常常難以實(shí)現(xiàn)。而計(jì)算的方法則能夠快速、準(zhǔn)確的預(yù)測(cè)酶特異性的底物蛋白質(zhì)及其修飾位點(diǎn)。目前對(duì)乙?；揎椀墓δ苎芯恐饕性趯?duì)細(xì)胞轉(zhuǎn)錄調(diào)控，以及對(duì)代謝通路的調(diào)控這兩個(gè)方面。山東琥珀?；揎椀鞍踪|(zhì)組學(xué)服務(wù)

常見的蛋白質(zhì)翻譯后修飾包括泛素化。浙江亞硝基化修飾蛋白質(zhì)組學(xué)研究

蛋白質(zhì)翻譯后修飾組學(xué)：蛋白質(zhì)翻譯后修飾(Post-translational modification, PTM)是指對(duì)翻譯后的蛋白質(zhì)進(jìn)行共價(jià)加工的過程。它通過在一個(gè)或多個(gè)氨基酸殘基加上修飾基團(tuán)，可以改變蛋白質(zhì)的物理、化學(xué)性質(zhì)，進(jìn)而影響蛋白質(zhì)的空間構(gòu)象和活性狀態(tài)、亞細(xì)胞定位、折疊及其穩(wěn)定性以及蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用。蛋白質(zhì)翻譯后修飾的豐度變化在生命活動(dòng)研究中具有重大意義，異常的翻譯后修飾會(huì)導(dǎo)致多種疾病的發(fā)生。質(zhì)譜可以分辨蛋白質(zhì)修飾前和修飾后分子量上的變化，因此只要知道靶蛋白翻譯后修飾前后分子量的變化,就能對(duì)翻譯后修飾方式進(jìn)行鑒定和定量。浙江亞硝基化修飾蛋白質(zhì)組學(xué)研究

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