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上海外泌體轉錄組學鑒定

來源: 發(fā)布時間:2022-04-23

轉錄組是特定發(fā)育階段或生理條件下細胞內的完整轉錄信息的匯合,表示了基因表達的中間狀態(tài)。轉錄組測序可以對所有轉錄物進行分類、確定基因的轉錄結構、量化轉錄物的表達水平。蛋白質是生命功能的直接執(zhí)行者,蛋白組是一種細胞乃至一種生物所表達的全部蛋白質。整合轉錄組學和蛋白質組學的表達數據對生物樣本進行研究,可以從整體上解釋生物學問題,探究生物體生理和疾病機理等。轉錄組學應用于胃腸瘤發(fā)生機制研究:利用轉錄組學可檢測瘤細胞惡化過程中的RNA(編碼RNA及非編碼RNA)的變化,有助于更好地理解胃腸瘤的發(fā)生機制。相對于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺,轉錄學組測序無需預先針對已知序列設計探針。上海外泌體轉錄組學鑒定

轉錄組學應用于胃腸瘤轉移機制研究:circRNA是一種非編碼RNA,可以多種方式參與生物學功能,如細胞增殖、細胞周期、侵襲和轉移等。近年來研究發(fā)現(xiàn),環(huán)狀RNA可以通過海綿吸附微小RNA和RNA結合蛋白參與轉錄后調控,從而影響瘤耐藥過程中的DNA修復、凋亡、增殖、細胞轉運,以及介導瘤耐藥的細胞內酶,進而在瘤耐藥中發(fā)揮重要調節(jié)作用。轉錄組學應用領域:農林領域:生長發(fā)育機制,抗逆脅迫機制,育種,物種保護研究等;畜牧業(yè):生長發(fā)育機制,致病機理研究,肉類及乳制品品質研究等。貴陽單細胞轉錄組學技術服務轉錄組廣義上指在某一生理條件下,細胞內所有轉錄組產物的組合。

單細胞轉錄組學測試步驟:第1步就是把單個細胞分選出來。分選的方式也比較多,物理切割,酶消化,F(xiàn)ACS分選等。假如已經分到了一個單細胞,跟常規(guī)的轉錄組步驟上是一樣的。下一步就是把單細胞里的RNA提取出來去建庫測序。但是一個細胞里的RNA含量是比較少的,難建庫成功。這個里面“量”的概念很有意思。比如說單細胞量少,需要特殊處理。因為單細胞里面RNA的量少,所以說整個富集的過程中會出現(xiàn)一部分基因在一個細胞里能檢測到,在另外一個細胞里面檢測不到,而每個細胞里面的檢測存在一個隨機性,同時單細胞測序深度比較低,所以說分析時相比于普通轉錄組有一些是需要特別注意,但整體的分析思路是類似的。

circRNA轉錄組學:是一類具有閉合環(huán)狀結構的非編碼RNA分子,沒有5′帽子結構和3′poly(A)結構,主要位于細胞質或儲存于外泌體中,不受RNA外切酶影響,表達更穩(wěn)定且不易降解,已被證明普遍存在于多種真核生物體內[1]。大多數circRNA是由外顯子環(huán)化而成,也有部分circRNA是由內含子環(huán)化而成的套索結構。同時由于circRNA含有大量的miRNA應答原件(MREs),能與AGO蛋白形成RNA誘導沉默復合體(RISC)的催化關鍵,然后導致circRNA降解。根據來源,circRNA可大致分為四類:全外顯子型的circRNA,內含子和外顯子組合的EIcircRNA,內含子組成的套索型ciRNA,由病毒RNA基因組、tRNA、rRNA、snRNA等環(huán)化產生的circRNA。circRNA主要存在于細胞質或外泌體中,具有組織特異性、疾病特異性、時序特異性及高穩(wěn)定性等特征。

RNA-Seq轉錄組學技術優(yōu)勢:相比基因芯片和標記的堿基序列的測序方法,RNA-seq具有一定的優(yōu)越性。與基因芯片相比,RNA-Seq不只可以在更高的分辨率下用來測量基因的表達水平情況,還可以揭示未知的轉錄組和拼接亞型,并為選擇性拼接亞型提供定量分析。轉錄組學(Transcriptomics),是一門在真整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調控規(guī)律的學科,從RNA水平研究基因的表達情況。轉錄組測序是通過二代測序平臺快速全方面地獲得某一物種特定細胞或組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有的轉錄本及基因序列,可以用來研究基因表達量、基因功能、結構、可變剪接和預測新的轉錄本等等。轉錄組學廣義上指在某一生理條件下,細胞內所有轉錄組產物的組合。貴陽單細胞轉錄組學技術服務

轉錄組學有高通量、更精確的數字信號。上海外泌體轉錄組學鑒定

RNA-seq轉錄組學技術優(yōu)勢有:1、可以直接測定每個轉錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準確度;2、靈敏度高,可以檢測細胞中少至幾個拷貝的稀有轉錄本;3、可以對任意物種進行全基因組分析,能夠檢測未知基因,發(fā)現(xiàn)新的轉錄本,并準確地識別可變剪切位點及cSNP,UTR區(qū)域;4、檢測范圍廣,能夠同時鑒定和定量稀有轉錄本和正常轉錄本。RNA-seq轉錄組學是需要生物學重復的,至少需要兩次生物學重復,3次以上的生物學重復更好。以3個重復為例,加上對照的三個生物學重復,一次RNA-seq需要6個樣本。上海外泌體轉錄組學鑒定