蛋白質(zhì)組學技術：飛行時間質(zhì)譜：MALDI的基本原理是將分析物分散在基質(zhì)分子（尼古丁酸及其同系物）中并形成晶體，當用激光（337nm的氮激光）照射晶體時，基質(zhì)分子吸收激光能量，樣品解吸附，基質(zhì)-樣品之間發(fā)生電荷轉(zhuǎn)移使樣品分子電離。它從固相標本中產(chǎn)生離子，并在飛行管中測定其分子量，MALDI-TOF-MS一般用于肽質(zhì)量指紋圖譜，非?？焖伲看畏治鲋恍?~5min），靈敏（達到fmol水平），可以精確測量肽段質(zhì)量，但是如果在分析前不修飾肽段，MALDI-TOF-MS不能給出肽片段的序列。定量蛋白質(zhì)組學通過對蛋白質(zhì)的定量分析，以了解基因在不同的生理、病理和逆境條件下的表達情況。江蘇DIA定量蛋白質(zhì)組學研究方法

蛋白質(zhì)組學技術：等電聚焦：等電聚焦（isoelectricfocusing，IEF）是一種利用有pH梯度的介質(zhì)分離等電點不同的蛋白質(zhì)的電泳技術。等電聚焦凝膠電泳依據(jù)蛋白質(zhì)分子的靜電荷或等電點進行分離，等電聚焦中，蛋白質(zhì)分子在含有載體兩性電解質(zhì)形成的一個連續(xù)而穩(wěn)定的線性pH梯度中電泳。載體兩性電解質(zhì)是脂肪族多氨基多羧酸，在電場中形成正極為酸性，負極為堿性的連續(xù)的pH梯度。蛋白質(zhì)分子在偏離其等電點的pH條件下帶有電荷，因此可以在電場中移動；當?shù)鞍踪|(zhì)遷移至其等電點位置時，其靜電荷數(shù)為零，在電場中不再移動，據(jù)此將蛋白質(zhì)分離。蛋白質(zhì)組學費用蛋白質(zhì)組學研究的首要任務是建立獲取和分析蛋白質(zhì)的常規(guī)、可靠、有效的技術。

PRM靶向蛋白組學：PRM技術是一種根據(jù)已知實測信息或質(zhì)譜檢測規(guī)律的假定信息對樣品中的蛋白質(zhì)進行靶向定量的技術。該技術主要應用儀器為QExactive系列質(zhì)譜儀，首先以四極桿作為質(zhì)量過濾器，特異性地選擇與預先設定質(zhì)荷比相同的肽段離子（母離子）通過，隨后在高能碰撞池中碎裂母離子，之后通過Orbitrap分析碎片離子（子離子）得到肽段的二級質(zhì)譜信息。四極桿的高選擇性離子過濾與Orbitrap高分辨率測量技術的結合使得PRM技術有很高的特異性，并且有效的降低了背景噪音，去除了干擾離子，提高了靈敏度。在確保數(shù)據(jù)質(zhì)量的前提下，為了在一次分析中檢測更多的蛋白質(zhì)，可用預置PRM（ScheduledPRM,sPRM）的方法，這種方法需要知道每個肽段的保留時間信息，使得每個肽段只在其洗脫時間窗口內(nèi)執(zhí)行PRM檢測，很大程度上提高了檢測效率，可同時檢測上百種蛋白質(zhì)。PRM技術是目前應用較普遍的質(zhì)譜蛋白質(zhì)靶向定量技術。

蛋白質(zhì)組學有什么用，能給我實驗帶來什么？可以大規(guī)模鑒定特定組織、細胞等各種樣本的蛋白質(zhì)種類、修飾狀態(tài)以及蛋白質(zhì)之間的相互作用，以及對這些蛋白質(zhì)功能分析、分類；可以對不同條件下某一特定樣本進行大規(guī)模的蛋白質(zhì)(包括翻譯后修飾蛋白)表達量變化分析，篩選潛在biomarker，篩選重要信號通路；依托大樣本量，可以實現(xiàn)疾病的分子分型分析、重要潛在靶標鑒定。質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學和芯片哪個更好出結果？若有對應物種的全基因組并有預測的全蛋白序列庫，可優(yōu)先選擇全蛋白序列庫；若無全蛋白序列庫，有對應物種對應組織的轉(zhuǎn)錄組測序結果并，可以使用轉(zhuǎn)錄組的測序結果（mRNA三框翻譯或者預測CDS，并翻譯成氨基酸序列）；若基因組、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫都沒有，優(yōu)先選擇同源性比較接近的物種的全蛋白數(shù)據(jù)庫，若近源物種沒有合適的全蛋白庫，則選擇更大的蛋白全庫（如動物全庫、綠色植物全庫、微生物庫等）。蛋白質(zhì)組學將成為尋找疾病分子標記和藥物靶標比較有效的方法之一。

定量蛋白質(zhì)組學技術：定量蛋白質(zhì)組學是蛋白質(zhì)組研究的重要內(nèi)容，通過對基因表達產(chǎn)物——蛋白質(zhì)的定量分析，以了解基因在不同的生理、病理和逆境條件下的表達情況。近年來，隨著非凝膠技術的發(fā)展，蛋白質(zhì)組學（“Shotgun”proteomics）技術，特別是多維蛋白質(zhì)鑒定（MultidimensionalProteinIdentification，MudPIT）已成為研究復雜生物樣本中大規(guī)模蛋白質(zhì)表達和定性和定量分析的強有力工具。蛋白質(zhì)組學在醫(yī)學的研究應用：蛋白質(zhì)組學是研究細胞、組織或生物體中蛋白質(zhì)組成、定位、變化及其相互作用規(guī)律的科學。定量蛋白質(zhì)組學技術主要分為標記（label）和非標記（label free）定量策略。廣東PRM靶向定量蛋白質(zhì)組學

蛋白質(zhì)組研究有助于了解蛋白的結構、細胞的功能、生命的本質(zhì)及活動規(guī)律。江蘇DIA定量蛋白質(zhì)組學研究方法

定量蛋白質(zhì)組學分析（QuantitativeProteomics）是對一個基因組表達的全部蛋白質(zhì)或一個復雜混合體系內(nèi)所有蛋白質(zhì)進行精確鑒定和定量。可用于篩選和尋找任何因素引起的樣本之間的差異表達蛋白，結合生物信息學揭示細胞生理病理等功能，同時也可對某些關鍵蛋白進行定性和定量分析。目前定量蛋白質(zhì)組學技術常見標記（Label）和非標記的（LabelFree）定量策略。定量蛋白質(zhì)組學技術常見的幾類主要包括：LabelFree定量蛋白組分析、SILAC與免疫共沉淀蛋白互作分析、MRM/PRM定量蛋白組學分析、SILAC/Dimethyl標記定量蛋白組分析、SWATH定量蛋白組學、TMT/iTRAQ/multinotch定量蛋白組學分析。江蘇DIA定量蛋白質(zhì)組學研究方法