轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用于胃腸瘤轉(zhuǎn)移機(jī)制研究：circRNA是一種非編碼RNA，可以多種方式參與生物學(xué)功能，如細(xì)胞增殖、細(xì)胞周期、侵襲和轉(zhuǎn)移等。近年來研究發(fā)現(xiàn)，環(huán)狀RNA可以通過海綿吸附微小RNA和RNA結(jié)合蛋白參與轉(zhuǎn)錄后調(diào)控，從而影響瘤耐藥過程中的DNA修復(fù)、凋亡、增殖、細(xì)胞轉(zhuǎn)運(yùn)，以及介導(dǎo)瘤耐藥的細(xì)胞內(nèi)酶，進(jìn)而在瘤耐藥中發(fā)揮重要調(diào)節(jié)作用。轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用領(lǐng)域：農(nóng)林領(lǐng)域：生長發(fā)育機(jī)制，抗逆脅迫機(jī)制，育種，物種保護(hù)研究等；畜牧業(yè)：生長發(fā)育機(jī)制，致病機(jī)理研究，肉類及乳制品品質(zhì)研究等。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于炎癥發(fā)生機(jī)制的發(fā)現(xiàn)及干預(yù)。南京宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組服務(wù)
RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)的應(yīng)用：RNA-Seq即對轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測序和分析。一般來說在研究所會(huì)委托公司測序得到數(shù)據(jù)自己進(jìn)行后續(xù)的生信分析（質(zhì)控，mapping，差異基因表達(dá)分析，SNV分析等）。RNA-Seq有著巨大的應(yīng)用前景。在不同背景下比較mRNA水平同一物種，不同組織：研究基因在不同部分的表達(dá)情況。同一物種，同一組織：研究基因在不同處理下，不同條件下的表達(dá)變化。同一組織，不同物種：研究基因的進(jìn)化關(guān)系。RNA-Seq，是基于新一代測序技術(shù)的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法：首先提取生物樣品的全部轉(zhuǎn)錄的RNA并進(jìn)行mRNA富集，然后反轉(zhuǎn)錄為 cDNA后進(jìn)行的新一代高通量測序，在此基礎(chǔ)上進(jìn)行片段的拼接組裝，從而可得到一個(gè)個(gè)的轉(zhuǎn)錄本，進(jìn)而可以形成對該生物樣品當(dāng)前發(fā)育狀態(tài)的基因表達(dá)狀況的全局了解。山東外泌體microRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究內(nèi)容轉(zhuǎn)錄組廣義上指在某一生理?xiàng)l件下，細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄組產(chǎn)物的組合。
單細(xì)胞RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)工作流程：單細(xì)胞RNA測序等高通量單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)通常從針對不同瘤和組織類型（解離、分選和分離細(xì)胞等）量身定制的實(shí)驗(yàn)工作流程開始，然后產(chǎn)生可以比對的序列，量化、質(zhì)量控制(QC)過濾和以不同方式標(biāo)準(zhǔn)化，以實(shí)現(xiàn)許多下游計(jì)算分析，例如聚類分析以識(shí)別轉(zhuǎn)錄不同的細(xì)胞類型和亞群，等位基因分析以識(shí)別單核苷酸變異（SNV，用星號(hào)表示）或拷貝數(shù)變體（CNV）、軌跡分析、剪接檢測或瘤的微環(huán)境（TME）相互作用的推斷中。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的分析通常因精心設(shè)計(jì)的研究設(shè)計(jì)而變得復(fù)雜，這些設(shè)計(jì)可能包括來自患病和未患病個(gè)體的樣本、在不同時(shí)間點(diǎn)（例如，診療前和診療后）收集的同一個(gè)人的多個(gè)樣本，或來自表現(xiàn)出不同疾病狀態(tài)的不同個(gè)體的多個(gè)樣本。這樣的研究設(shè)計(jì)可以發(fā)現(xiàn)患者共享的轉(zhuǎn)錄特征，這些特征可能定義疾病中常見的干擾分子途徑。
宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)適用范圍包括人體微生態(tài)、環(huán)境、工業(yè)、農(nóng)業(yè)等領(lǐng)域。宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)以生態(tài)環(huán)境中的全部RNA為研究對象，避開了微生物分離培養(yǎng)困難的問題，能有效的擴(kuò)展微生物資源的利用空間。應(yīng)用領(lǐng)域：包括腸道微生物、口腔微生物、糞便微生物、人體組織微生物。宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組的概念：宏轉(zhuǎn)錄組是特定時(shí)期、環(huán)境樣本、組織樣本中所有的微生物的RNA（轉(zhuǎn)錄本）的匯合。通過對這些轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行大規(guī)模高通量測序，可以直接獲得環(huán)境中可培養(yǎng)和不可培養(yǎng)的微生物轉(zhuǎn)錄組信息。廣義轉(zhuǎn)錄組學(xué)是指生命單元(通常是一種細(xì)胞)中所有按基因信息單元轉(zhuǎn)錄和加工的RNA分子。
全長轉(zhuǎn)錄組測序的優(yōu)勢：1、全方面鑒定可變剪切；2、發(fā)現(xiàn)更多新基因；3、有效改善基因組注釋；4、鑒定更多的LncRNA；5、準(zhǔn)確定位融合基因。研究思路：由于全長轉(zhuǎn)錄組測序是基于第三代測序技術(shù)，因而其成本依然較高，如果全部研究項(xiàng)目均基于全長轉(zhuǎn)錄組，通常來說很難承擔(dān)，因此，全長轉(zhuǎn)錄組測序一般與普通轉(zhuǎn)錄組測序相結(jié)合。宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)是什么？宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)也稱為環(huán)境轉(zhuǎn)錄組學(xué)，指從整體水平上研究某一特定環(huán)境、特定時(shí)期菌群群體全部基因轉(zhuǎn)錄情況以及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律，以揭示微生物在不同環(huán)境壓力下的適應(yīng)機(jī)制，探索環(huán)境與微生物之間的相互作用機(jī)理。轉(zhuǎn)錄組學(xué)無需預(yù)先設(shè)計(jì)特異性探針。山東外泌體microRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究內(nèi)容
基于高通量測序平臺(tái)的轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序技術(shù)能夠全方面獲得物種特定組織的轉(zhuǎn)錄本信息。南京宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組服務(wù)
RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)優(yōu)勢：RNA-seq技術(shù)可以檢測到低水平表達(dá)、未識(shí)別的轉(zhuǎn)錄子和新拼接亞型基因。另一方面，與基因芯片相比，RNA-Seq有一個(gè)更廣的檢測動(dòng)態(tài)范圍，可以研究編碼和非編碼RNA，更易于基因網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建、發(fā)現(xiàn)選擇性剪切轉(zhuǎn)錄物，檢測到等位基因的具體表達(dá)方式，也可以用來提取基因型信息。在RNA-Seq單細(xì)胞研究中，一個(gè)主要優(yōu)勢是可以分析整個(gè)轉(zhuǎn)錄序列，而不是有限制數(shù)量的基因，并且，研究DNA和RNA的方法并不是相互排斥的，他們可以相互結(jié)合使用，產(chǎn)生更多的生物學(xué)上重要的信息。南京宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組服務(wù)