轉(zhuǎn)錄組及轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（RNA-seq）：轉(zhuǎn)錄組即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（RNA-seq）主要通過(guò)高通量測(cè)序研究特定組織或細(xì)胞在某個(gè)時(shí)期轉(zhuǎn)錄出來(lái)的mRNA的表達(dá)量，進(jìn)而對(duì)相關(guān)基因和表型的關(guān)系進(jìn)行分析。本質(zhì)上講RNA-seq就是在用一種新的方法實(shí)現(xiàn)“基因決定性狀”的經(jīng)典思路。在RNA-seq之前用于研究基因組表達(dá)分析的主要技術(shù)是基因芯片，不過(guò)由于高通量測(cè)序成本的下降，RNA-seq的運(yùn)用愈來(lái)愈普遍。狹義上轉(zhuǎn)錄組學(xué)的指所有mRNA的組合。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究?jī)?nèi)容

轉(zhuǎn)錄組學(xué)的概念：轉(zhuǎn)錄組是指特定組織或細(xì)胞在某一發(fā)育階段或功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的匯合，包括蛋白質(zhì)編碼的信使RNA和非編碼RNA（rRNA、tRNA和其他ncRNAs），高通量測(cè)序技術(shù)也被稱(chēng)為下一代測(cè)序（NGS）技術(shù)，推進(jìn)了基因組學(xué)的研究進(jìn)展。該項(xiàng)新技術(shù)除了研究靜態(tài)基因組，近年來(lái)也開(kāi)始應(yīng)用于動(dòng)態(tài)轉(zhuǎn)錄分析，由此衍生的技術(shù)稱(chēng)為RNA序列分析（RNA-seq）隨著DNA基因芯片技術(shù)的快速發(fā)展，開(kāi)創(chuàng)了這個(gè)病癥近十年的高通量轉(zhuǎn)錄組研究。RNA-Seq技術(shù)可以從轉(zhuǎn)錄水平檢測(cè)瘤中的改變基因。通過(guò)相關(guān)軟件分析，鑒定相關(guān)改變基因在瘤發(fā)生的發(fā)展中所起的作用。然后經(jīng)過(guò)刷選，進(jìn)一步挑選出相關(guān)靶基因進(jìn)行實(shí)驗(yàn)研究，有望為瘤的基因醫(yī)治提供新的靶點(diǎn)。浙江SmalIRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)基于高通量測(cè)序平臺(tái)的轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序技術(shù)能夠全方面獲得物種特定組織的轉(zhuǎn)錄本信息。

宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)適用范圍包括人體微生態(tài)、環(huán)境、工業(yè)、農(nóng)業(yè)等領(lǐng)域。宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)以生態(tài)環(huán)境中的全部RNA為研究對(duì)象，避開(kāi)了微生物分離培養(yǎng)困難的問(wèn)題，能有效的擴(kuò)展微生物資源的利用空間。應(yīng)用領(lǐng)域：包括腸道微生物、口腔微生物、糞便微生物、人體組織微生物。宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組的概念：宏轉(zhuǎn)錄組是特定時(shí)期、環(huán)境樣本、組織樣本中所有的微生物的RNA（轉(zhuǎn)錄本）的匯合。通過(guò)對(duì)這些轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行大規(guī)模高通量測(cè)序，可以直接獲得環(huán)境中可培養(yǎng)和不可培養(yǎng)的微生物轉(zhuǎn)錄組信息。

轉(zhuǎn)錄組分析是目前應(yīng)用比較廣的高通量測(cè)序分析技術(shù)之一。常見(jiàn)設(shè)計(jì)是不同樣品之間比較，尋找差異基因、標(biāo)志基因、協(xié)同變化基因、差異剪接和新轉(zhuǎn)錄本，并進(jìn)行結(jié)果可視化、功能注釋和網(wǎng)絡(luò)分析等。轉(zhuǎn)錄組的測(cè)序分析也相對(duì)成熟，從RNA提取、構(gòu)建文庫(kù)、上機(jī)測(cè)序再到結(jié)果解析既可以自己完成，又可以在專(zhuān)業(yè)公司進(jìn)行。概括來(lái)看轉(zhuǎn)錄組的分析流程比較簡(jiǎn)單，序列比對(duì)-轉(zhuǎn)錄本拼接(可選)-表達(dá)定量-差異基因-功能富集-定制分析。整個(gè)環(huán)節(jié)清晰流暢，可以作為剛開(kāi)始接觸高通量測(cè)序?qū)W習(xí)比較合適的技術(shù)之一。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以在單核苷酸水平對(duì)任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動(dòng)進(jìn)行檢測(cè)。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序比其他研究方法有哪些優(yōu)勢(shì)?轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序具有以下優(yōu)勢(shì)：（1）可以直接測(cè)定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度，同時(shí)不存在傳統(tǒng)微陣列雜交的熒光模擬信號(hào)帶來(lái)的交叉反應(yīng)和背景噪音問(wèn)題；（2）靈敏度高，可以檢測(cè)細(xì)胞中少至幾個(gè)拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本；（3）可以對(duì)任意物種進(jìn)行全基因組分析，無(wú)需預(yù)先設(shè)計(jì)特異性探針，因此無(wú)需了解物種基因信息，能夠直接對(duì)任何物種進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析，同時(shí)能夠檢測(cè)未知基因，發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本，并準(zhǔn)確地識(shí)別可變剪切位點(diǎn)及cSNP，UTR區(qū)域。（4）檢測(cè)范圍廣，高于6個(gè)數(shù)量級(jí)的動(dòng)態(tài)檢測(cè)范圍，能夠同時(shí)鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本。轉(zhuǎn)錄組廣義上指在某一生理?xiàng)l件下，細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄組產(chǎn)物的組合。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究?jī)?nèi)容

轉(zhuǎn)錄組學(xué)能夠檢測(cè)未知基因，發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究?jī)?nèi)容

轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用領(lǐng)域：海洋水產(chǎn)：生長(zhǎng)發(fā)育機(jī)制，漁業(yè)資源，漁業(yè)環(huán)境與水產(chǎn)品安全等；微生物：致病機(jī)理，耐藥機(jī)制，病原體-宿主相互作用研究等；生物醫(yī)藥：生物標(biāo)志物，疾病機(jī)理機(jī)制，疾病分型，藥物開(kāi)發(fā)，個(gè)性化醫(yī)治等；環(huán)境科學(xué)：發(fā)酵過(guò)程優(yōu)化，生物燃料生產(chǎn)，環(huán)境危害風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估研究等；食品科學(xué)：食品儲(chǔ)藏及加工條件優(yōu)化，食品組分及品質(zhì)鑒定，功能性食品開(kāi)發(fā)，食品安全監(jiān)檢測(cè)等。轉(zhuǎn)錄組是特定發(fā)育階段或生理?xiàng)l件下細(xì)胞內(nèi)的完整轉(zhuǎn)錄信息的匯合，表示了基因表達(dá)的中間狀態(tài)。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究?jī)?nèi)容