RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學的應用：RNA-Seq即對轉(zhuǎn)錄組進行測序和分析。一般來說在研究所會委托公司測序得到數(shù)據(jù)自己進行后續(xù)的生信分析（質(zhì)控，mapping，差異基因表達分析，SNV分析等）。RNA-Seq有著巨大的應用前景。在不同背景下比較mRNA水平同一物種，不同組織：研究基因在不同部分的表達情況。同一物種，同一組織：研究基因在不同處理下，不同條件下的表達變化。同一組織，不同物種：研究基因的進化關(guān)系。RNA-Seq，是基于新一代測序技術(shù)的轉(zhuǎn)錄組學研究方法：首先提取生物樣品的全部轉(zhuǎn)錄的RNA并進行mRNA富集，然后反轉(zhuǎn)錄為 cDNA后進行的新一代高通量測序，在此基礎(chǔ)上進行片段的拼接組裝，從而可得到一個個的轉(zhuǎn)錄本，進而可以形成對該生物樣品當前發(fā)育狀態(tài)的基因表達狀況的全局了解。轉(zhuǎn)錄組測序所需數(shù)據(jù)量與所研究物種的基因組大小有關(guān)，基因組越大，則所需數(shù)據(jù)量越大。廣東全長轉(zhuǎn)錄學組研究方法

轉(zhuǎn)錄組學技術(shù)：轉(zhuǎn)錄組學（transcriptomics），是一門在整體水平上研究細胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學科。簡而言之，轉(zhuǎn)錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況。轉(zhuǎn)錄組即一個活細胞所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，是研究細胞表型和功能的一個重要手段。優(yōu)勢：高通量、更精確的數(shù)字信號；在單核苷酸水平對任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動進行檢測；分析轉(zhuǎn)錄本的結(jié)構(gòu)和表達水平的同時，還能發(fā)現(xiàn)未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本；準確地識別可變剪切和融合基因。應用方向：植物生長機制的發(fā)現(xiàn)及干預；炎癥發(fā)生機制的發(fā)現(xiàn)及干預；表達差異的研究；基因點突變及多態(tài)性檢測。河南單細胞轉(zhuǎn)錄組學費用轉(zhuǎn)錄組具有時間特異性的特點。

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學技術(shù)優(yōu)勢：RNA-seq技術(shù)可以檢測到低水平表達、未識別的轉(zhuǎn)錄子和新拼接亞型基因。另一方面，與基因芯片相比，RNA-Seq有一個更廣的檢測動態(tài)范圍，可以研究編碼和非編碼RNA，更易于基因網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建、發(fā)現(xiàn)選擇性剪切轉(zhuǎn)錄物，檢測到等位基因的具體表達方式，也可以用來提取基因型信息。在RNA-Seq單細胞研究中，一個主要優(yōu)勢是可以分析整個轉(zhuǎn)錄序列，而不是有限制數(shù)量的基因，并且，研究DNA和RNA的方法并不是相互排斥的，他們可以相互結(jié)合使用，產(chǎn)生更多的生物學上重要的信息。

宏轉(zhuǎn)錄學組的概念：宏轉(zhuǎn)錄組是特定時期、環(huán)境樣本、組織樣本中所有的微生物的RNA（轉(zhuǎn)錄本）的匯合。通過對這些轉(zhuǎn)錄本進行大規(guī)模高通量測序，可以直接獲得環(huán)境中可培養(yǎng)和不可培養(yǎng)的微生物轉(zhuǎn)錄組信息。這種技術(shù)不只具有宏基因組技術(shù)的全部優(yōu)點，可以檢測環(huán)境中的活性微生物、活性轉(zhuǎn)錄本以及活性功能進行研究，還可以比較不同環(huán)境下的差異表達基因和差異功能途徑，揭示微生物在不同環(huán)境壓力下的適應機制，探索環(huán)境與微生物之間的互作機理。轉(zhuǎn)錄組學靈敏度高，可以檢測細胞中少至幾個拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本。

轉(zhuǎn)錄組是特定發(fā)育階段或生理條件下細胞內(nèi)的完整轉(zhuǎn)錄信息的匯合，表示了基因表達的中間狀態(tài)。轉(zhuǎn)錄組測序可以對所有轉(zhuǎn)錄物進行分類、確定基因的轉(zhuǎn)錄結(jié)構(gòu)、量化轉(zhuǎn)錄物的表達水平。蛋白質(zhì)是生命功能的直接執(zhí)行者，蛋白組是一種細胞乃至一種生物所表達的全部蛋白質(zhì)。整合轉(zhuǎn)錄組學和蛋白質(zhì)組學的表達數(shù)據(jù)對生物樣本進行研究，可以從整體上解釋生物學問題，探究生物體生理和疾病機理等。轉(zhuǎn)錄組學應用于胃腸瘤發(fā)生機制研究：利用轉(zhuǎn)錄組學可檢測瘤細胞惡化過程中的RNA（編碼RNA及非編碼RNA）的變化，有助于更好地理解胃腸瘤的發(fā)生機制。轉(zhuǎn)錄組學可以直接測定每個轉(zhuǎn)錄本單核苷酸分辨率的準確度。山東全轉(zhuǎn)錄學組研究

轉(zhuǎn)錄學組測序是目前深入研究轉(zhuǎn)錄組復雜性的強大工具。廣東全長轉(zhuǎn)錄學組研究方法

RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學：也被稱為整個轉(zhuǎn)錄組鳥測序（wts）。RNA-seq包含三個步驟：測序文庫的建立，在特定平臺中測序和生物信息學分析。RNA-Seq是一種基于NGS技術(shù)的新的轉(zhuǎn)錄分析方法。采用NGS技術(shù)對從感興趣的RNA樣本序列反轉(zhuǎn)錄得到的cDNA進行測序。簡而言之，就是對剪切變體、轉(zhuǎn)錄后RNA編輯、內(nèi)含子表達水平和特定等位基因的表達情況進行定性和定量分析。RNA-Seq原理：在對基因組測序和分析研究的同時，復雜的轉(zhuǎn)錄組研究也普遍發(fā)展起來。利用高通量測序技術(shù)平臺分析轉(zhuǎn)錄組的結(jié)構(gòu)和表達水平情況，更能挖掘未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本信息，精確地識別RNA的選擇性剪切以及編碼序列的單核苷酸多態(tài)性（SPN），進一步解析復雜的轉(zhuǎn)錄組信息。廣東全長轉(zhuǎn)錄學組研究方法