轉(zhuǎn)錄組學(xué)：轉(zhuǎn)錄組學(xué)是研究特定的細胞、組織或個體在特定時間和狀態(tài)下所轉(zhuǎn)錄出所有RNA的學(xué)科，轉(zhuǎn)錄組測序是指利用高通量測序方法，研究特定的細胞、組織或個體在特定時間和狀態(tài)下所轉(zhuǎn)錄出的所有mRNA，用于揭示不同功能狀態(tài)下的基因表達、結(jié)構(gòu)的差異，闡明分子機制。應(yīng)用領(lǐng)域：醫(yī)學(xué)研究：疾病標志物篩查、疾病的診斷和分型、疾病復(fù)發(fā)診斷、病因與病理機制探究、臨床療效評價、藥物毒理學(xué)評價。生命科學(xué)研究：非生物環(huán)境關(guān)系研究、植物與微生物、在表型鑒定中的應(yīng)用、代謝途徑及功能基因組研究、藥用植物研究中的應(yīng)用。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于基因點突變及多態(tài)性檢測。深圳轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析

circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)成環(huán)機制：circRNA環(huán)化方式分為內(nèi)含子環(huán)化和外顯子環(huán)化。目前主流的成環(huán)機制可歸類為：依賴于剪切體的索尾插接環(huán)化。在mRNA前體上，通過連續(xù)的組裝小核核糖體蛋白從而催化外顯子下游的5′供體的位點連接到上游的3′受體的位點，索尾插接形成環(huán)化，然后通過剪切形成circRNA。順式作用元件促進circRNA形成。部分circRNA外顯子兩側(cè)的內(nèi)含子中含有反向互補序列，首先在剪切位點上并排形成RNA雙鏈體，再通過可變剪切形成帶內(nèi)含子和不帶內(nèi)含子兩種不同的circRNA?；蛘咄怙@子內(nèi)部以及兩側(cè)的內(nèi)含子可以競爭進行RNA配對，然后通過可變剪切形成不同類型的circRNA。四川宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以直接測定每個轉(zhuǎn)錄本單核苷酸分辨率的準確度。

全轉(zhuǎn)錄組測序為什么需要構(gòu)建兩個文庫？全轉(zhuǎn)錄組測序需要構(gòu)建2個測序文庫，一個小RNA文庫和一個去除核糖體RNA的鏈特異性文庫，然后分別上機測序。小RNA長度較短，一般小于50nt，采用測序策略為50SE。其他三類RNA序列一般大于200，通常在1000以上，可達幾萬，通過片段化構(gòu)建150PE測序文庫。然后小RNA文庫可以獲得miRNA序列信息，去核糖體的鏈特異性文庫可以獲得mRNA、lncRNA和circRNA的序列信息。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。

宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組概念：宏轉(zhuǎn)錄組測序是對某一特定時期、特定環(huán)境樣品中的全部微生物的RNA進行高通量測序，直接獲得該環(huán)境中所有微生物轉(zhuǎn)錄組信息的一種測序技術(shù)的新應(yīng)用。宏轉(zhuǎn)錄組中不只包含有微生物的物種信息，還有微生物的基因表達信息。如果說宏基因組能告訴我們微生物群，那么宏轉(zhuǎn)錄組則能告訴我們這些微生物，這有助于挖掘微生物功能基因和探索微生物與環(huán)境、疾病、動植物等關(guān)系的機制。宏轉(zhuǎn)錄組分析：從以G為單位的高通量測序數(shù)據(jù)中獲取研究所需的微生物種類、基因、通路等信息是進行宏轉(zhuǎn)錄組研究必須經(jīng)歷的一步。現(xiàn)在網(wǎng)絡(luò)上分析組學(xué)數(shù)據(jù)的工具五花八門。能否從眾多組學(xué)工具中選擇出適合分析宏轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的軟件，能否搭建一套完整、快速、高效、靈敏、高精確的宏轉(zhuǎn)錄組分析pipline，直接關(guān)乎到后期數(shù)據(jù)分析的進行。普通轉(zhuǎn)錄組測序主要適用于不同的環(huán)境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)：隨著越來越多的基因組序列相繼被測定,生命科學(xué)的研究進入了后基因組時代,各類組學(xué)技術(shù)得到迅速地發(fā)展與普遍地應(yīng)用包括以基因為研究對象的基因組學(xué)(Genomics)、以轉(zhuǎn)錄過程為研究對象的轉(zhuǎn)錄組學(xué)(Transcriptomics)。意義：1．轉(zhuǎn)錄組譜可以提供特定條件下某些基因表達的信息,并據(jù)此推斷相應(yīng)未知基因的功能,揭示特定調(diào)節(jié)基因的作用機制.2．通過基于基因表達譜的分子標簽,不只可以辨別細胞的表型歸屬,還可以用于疾病的診斷.3．轉(zhuǎn)錄組的研究應(yīng)用于臨床的另一個例子是可以將表面上看似相同的病癥分為多個亞型,尤其是對原發(fā)性惡性瘤,通過轉(zhuǎn)錄組差異表達譜的建立,可以詳細描繪出患者的生存期以及對藥物的反應(yīng)等。普通轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序適用于哪些情況？湖北高通量轉(zhuǎn)錄組學(xué)定量分析

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序包括mRNA和非編碼RNA。深圳轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析

RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)：也被稱為整個轉(zhuǎn)錄組鳥測序（wts）。RNA-seq包含三個步驟：測序文庫的建立，在特定平臺中測序和生物信息學(xué)分析。RNA-Seq是一種基于NGS技術(shù)的新的轉(zhuǎn)錄分析方法。采用NGS技術(shù)對從感興趣的RNA樣本序列反轉(zhuǎn)錄得到的cDNA進行測序。簡而言之，就是對剪切變體、轉(zhuǎn)錄后RNA編輯、內(nèi)含子表達水平和特定等位基因的表達情況進行定性和定量分析。RNA-Seq原理：在對基因組測序和分析研究的同時，復(fù)雜的轉(zhuǎn)錄組研究也普遍發(fā)展起來。利用高通量測序技術(shù)平臺分析轉(zhuǎn)錄組的結(jié)構(gòu)和表達水平情況，更能挖掘未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本信息，精確地識別RNA的選擇性剪切以及編碼序列的單核苷酸多態(tài)性（SPN），進一步解析復(fù)雜的轉(zhuǎn)錄組信息。深圳轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析

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