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為同時(shí)獲得空間表達(dá)和組織學(xué)背景信息，該方案首先將FFPE組織切片置于Visium基因芯片上進(jìn)行組織學(xué)染色和成像，然后利用切片下方Visium基因芯片上的探針進(jìn)行表達(dá)定量。由于FFPE樣本通常存在RNA高度降解的問題，針對(duì)FFPE樣本的Visium空間基因表達(dá)解決方案無法像新鮮凍存組織樣本一樣利用完整mRNA具有的poly（dA）序列進(jìn)行mRNA捕獲。該方案采用針對(duì)編碼基因的成對(duì)RNA模板連接探針（RTL）與mRNA雜交。左側(cè)探針（LHS）具有部分Read 2序列，右側(cè)探針（RHS）具有合成的poly(A)序列。左右探針與mRNA雜交后彼此連接，而mRNA被RNase降解。組織透化后，被連接的成...

空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序在病理學(xué)中，通過添加基因表達(dá)維度，得出形態(tài)學(xué)結(jié)論，通過觀察基因表達(dá)區(qū)域，了解可能發(fā)生假陰性/假陽性的位置; 在免疫學(xué)，研究免疫細(xì)胞浸潤(rùn)、不同區(qū)域的免疫細(xì)胞中的基因表達(dá)特征；免疫群體擴(kuò)散、不同類型免疫細(xì)胞的空間位置解析； 在神經(jīng)科學(xué)，研究大腦皮層層狀組織解析，揭示大腦皮層的結(jié)構(gòu)-功能關(guān)系，正常vs.疾病大腦結(jié)構(gòu)特征分析與疾病相關(guān)的基因表達(dá)于特定的大腦皮層； 在發(fā)育生物學(xué)，通過解析每個(gè)發(fā)育階段不同解剖區(qū)域特有的基因表達(dá)特征，解析組織中與形態(tài)形成相關(guān)基因；豐富基因表達(dá)的空間注釋信息，創(chuàng)建組織發(fā)育的空間細(xì)胞圖譜。自主研發(fā)PanoCell單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)測(cè)序平臺(tái)。武漢上海烈冰生物空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序服...

烈冰生信團(tuán)隊(duì)傾情研發(fā)的NovelBrain?生信大數(shù)據(jù)分析平臺(tái)，可實(shí)現(xiàn)零代碼操作、簡(jiǎn)單方便：?jiǎn)渭?xì)胞瀏覽器的操作簡(jiǎn)單，不需要命令行操作。簡(jiǎn)單拖拽、設(shè)置參數(shù)即可運(yùn)行，即使生信0基礎(chǔ)用戶也可以運(yùn)用自如；可視化展示海量結(jié)果文件：可視化展示Cluster的基因數(shù)，UMI數(shù)量、線粒體RNA占比信息；以及不同Cluster對(duì)應(yīng)的細(xì)胞數(shù)量、基因表達(dá)量、RNA表達(dá)量、樣本細(xì)胞分布、線粒體RNA表達(dá)量等；3D立體展示，文章動(dòng)圖先人一步：?jiǎn)渭?xì)胞瀏覽器針對(duì)t-SNE圖、UMAP圖和pseudotime結(jié)果進(jìn)行三維立體展示，更加直觀立體的觀察細(xì)胞分布和聚類情況。烈冰引進(jìn)國(guó)際主流空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序平臺(tái)，提供保留組織內(nèi)部精細(xì)區(qū)...

在發(fā)育過程或疾病發(fā)生過程中，組織內(nèi)部的不同細(xì)胞經(jīng)歷了復(fù)雜的生物學(xué)過程，因此，組織內(nèi)部的異質(zhì)性研究是目前揭示重要生物學(xué)研究的一個(gè)重要研究手段。組織內(nèi)部的異質(zhì)性包括細(xì)胞類型的異質(zhì)性和空間位置的異質(zhì)性兩個(gè)層面，細(xì)胞類型異質(zhì)性可由單細(xì)胞測(cè)序來完美呈現(xiàn)，而空間位置的異質(zhì)性，則需要可高通量地檢測(cè)全轉(zhuǎn)錄組空間信息的新型研究方法來解決。烈冰生物真正實(shí)現(xiàn)空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的全程把控，做到從實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、空間信息標(biāo)記、建庫(kù)測(cè)序、定制化分析的全流程一站式服務(wù)，助力高分文章發(fā)表。全線搭建10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序平臺(tái)。成都BD Rhapsody空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)支持所謂的高通量測(cè)序技術(shù)，又名大規(guī)模平行測(cè)序，是將DNA...

空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的數(shù)據(jù)分析基本分為三個(gè)階段：1.數(shù)據(jù)的預(yù)處理部分；2.Spot點(diǎn)陣的分群與定義；3.Spot分群的功能與生物學(xué)價(jià)值。每一個(gè)部分都不可或缺，其結(jié)果都對(duì)后續(xù)的分析結(jié)果有重要影響。由于空間轉(zhuǎn)錄組的序列結(jié)構(gòu)與單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的左端序列結(jié)構(gòu)是非常接近的，都是Cellbarcode/SpotBarcode+UMI+捕獲區(qū)域這樣的設(shè)計(jì)。右端普遍為捕獲的RNA序列。因此采用單細(xì)胞的原始數(shù)據(jù)過濾策略即可，左端可以考慮切下捕獲區(qū)域前的序列區(qū)域作為后續(xù)分析用的序列以減少分析負(fù)荷。隨后，采用10X官方的Spatialranger的策略進(jìn)行后續(xù)分析，解析出位于空間位置中的有效的Spot表達(dá)矩陣。國(guó)產(chǎn)化Pa...

空間組測(cè)序技術(shù)，作為現(xiàn)階段單細(xì)胞技術(shù)的重要補(bǔ)充技術(shù)進(jìn)入了組學(xué)的實(shí)驗(yàn)領(lǐng)域以及生物信息學(xué)的分析領(lǐng)域。通過單細(xì)胞測(cè)序（單細(xì)胞表達(dá)尺度）+空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（空間表達(dá)尺度）+數(shù)字病理（臨床診斷尺度）聯(lián)合分析可在空間和時(shí)間上描述不斷演變的組織生態(tài)系統(tǒng)，多角度深入分析組織的形態(tài)特征、基因組學(xué)特征、表觀遺傳調(diào)控因子以及樣本中的免疫微環(huán)境。不同于單細(xì)胞測(cè)序分析的需求-分析-需求-分析的模式，空間轉(zhuǎn)錄組分析實(shí)際上是非常需要研究者和企業(yè)之間的互動(dòng)的，尤其是對(duì)于組織切片的理解，一個(gè)在線互相交流空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果的系統(tǒng)也是空轉(zhuǎn)分析中不可或缺的一環(huán)，也是重中之重。烈冰生物為您提供一站式全流程高通量測(cè)序服務(wù)。杭州烈冰空間轉(zhuǎn)錄...

基于橋式PCR技術(shù)的簇生成可以將模版鏈迅速擴(kuò)增成千上萬倍，保證過程中足夠的測(cè)序深度。測(cè)序時(shí)使用特殊標(biāo)記的dNTP：1）堿基上通過敏感鍵修飾上不同的熒光基團(tuán)，用于區(qū)分ATCG；2）3端使用疊氮基團(tuán)封閉，保證一次循環(huán)只上一個(gè)dNTP。每一輪循環(huán)結(jié)束時(shí)，會(huì)通過高速熒光顯微鏡記錄熒光圖像，再通入試劑除去熒光基團(tuán)和疊氮基團(tuán)，開啟下一循環(huán)。通過分析讀取同一位點(diǎn)的熒光，實(shí)時(shí)獲取模版鏈的堿基序列。由于過程中使用的化學(xué)反應(yīng)并不可控，隨著循環(huán)數(shù)的增大會(huì)出現(xiàn)不同步的情況，因此Illumina的讀長(zhǎng)只能限制在200bp左右。烈冰測(cè)序服務(wù)已助力300余篇國(guó)際主流期刊研究文章發(fā)表。溫州空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析解決空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序...

為同時(shí)獲得空間表達(dá)和組織學(xué)背景信息，該方案首先將FFPE組織切片置于Visium基因芯片上進(jìn)行組織學(xué)染色和成像，然后利用切片下方Visium基因芯片上的探針進(jìn)行表達(dá)定量。由于FFPE樣本通常存在RNA高度降解的問題，針對(duì)FFPE樣本的Visium空間基因表達(dá)解決方案無法像新鮮凍存組織樣本一樣利用完整mRNA具有的poly（dA）序列進(jìn)行mRNA捕獲。該方案采用針對(duì)編碼基因的成對(duì)RNA模板連接探針（RTL）與mRNA雜交。左側(cè)探針（LHS）具有部分Read 2序列，右側(cè)探針（RHS）具有合成的poly(A)序列。左右探針與mRNA雜交后彼此連接，而mRNA被RNase降解。組織透化后，被連接的成...

10xGenomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫(kù)構(gòu)建的每張載玻片上有四個(gè)捕獲區(qū)域，每個(gè)捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm，包含5000個(gè)被條形碼標(biāo)記的點(diǎn)（barcodedspots），每個(gè)點(diǎn)的直徑為55μm，點(diǎn)和點(diǎn)之間中心的距離為100μm，并且每個(gè)點(diǎn)都有一個(gè)barcode序列。組織切片的細(xì)胞中會(huì)釋放出mRNA，遷移到每個(gè)spot的mRNA會(huì)被標(biāo)記上相應(yīng)的barcode序列，然后進(jìn)行文庫(kù)構(gòu)建并進(jìn)行測(cè)序。根據(jù)數(shù)據(jù)的條形碼信息對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，以確定哪些數(shù)據(jù)來自哪個(gè)位置，從而實(shí)現(xiàn)空間基因表達(dá)的可視化。烈冰科技成立10余年，為科研學(xué)者提供專注的測(cè)序數(shù)據(jù)分析服務(wù)。杭州上海烈冰生物空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)支持空間組測(cè)序技術(shù)...

空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)（Spatial Transcriptomics）是指在組織切片上完成，保留樣本空間信息的組學(xué)研究?？臻g轉(zhuǎn)錄組可展示組織切片中不同區(qū)域的基因表達(dá)情況，揭示精細(xì)病理區(qū)域中激發(fā)的信號(hào)通路，完成分子特征驅(qū)動(dòng)病理特征的機(jī)制解析。空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)完成了病理數(shù)字化結(jié)合病理影像化的技術(shù)革新，對(duì)于診斷標(biāo)志物、耐藥位點(diǎn)以及靶向藥物的研發(fā)，免疫治等新興領(lǐng)域都具有重要作用。當(dāng)組織冷凍切片附在帶有spatialbarcode的空間轉(zhuǎn)錄組芯片上時(shí)，通過透化處理，細(xì)胞內(nèi)的mRNA釋放出來，從而被芯片上帶有oligo-dT的探針捕獲。被捕獲的mRNA開始逆轉(zhuǎn)錄，得到的cDNA中包含了spatialbarcode序列...

單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)是一種在單細(xì)胞水平上對(duì)基因組、轉(zhuǎn)錄組、表觀組等進(jìn)行高通量測(cè)序分析的技術(shù)。單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)能夠在組學(xué)水平揭示細(xì)胞間的異質(zhì)性。單細(xì)胞水平細(xì)胞譜系追蹤技術(shù)位居2018年Science 雜志評(píng)選的科學(xué)突破。常規(guī)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)丟失了細(xì)胞在原組織中至關(guān)重要的空間位置信息，而單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)在進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的同時(shí)保留并記錄了細(xì)胞的空間位置信息。空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)能夠揭示細(xì)胞間的相互作用以及細(xì)胞所處的微環(huán)境，將成為發(fā)育生物學(xué)、神經(jīng)生物學(xué)、免疫生物學(xué)等領(lǐng)域的研究利器。測(cè)序的革新讓科學(xué)研究從個(gè)體基因差異逐漸轉(zhuǎn)為個(gè)體細(xì)胞的基因差異。北京烈冰空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序價(jià)格烈冰生物生信分析團(tuán)隊(duì)緊追國(guó)際前沿、...

RNA測(cè)序（RNA-seq）是轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的重要工具，也是生命科學(xué)領(lǐng)域常用的技術(shù)之一。相比于傳統(tǒng)通路研究低維度、低通量的局限性，轉(zhuǎn)錄組學(xué)有以下優(yōu)勢(shì)：1）能夠動(dòng)態(tài)考察細(xì)胞基因組的表達(dá)，多維度地反映差異變化；2）可用于研究占RNA絕大部分的非編碼RNA，研究其結(jié)構(gòu)以及在細(xì)胞生命活動(dòng)中的重要調(diào)控作用；3）與蛋白組學(xué)研究相互補(bǔ)充，多角度呈現(xiàn)細(xì)胞水平的變化信息。作為轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的技術(shù)基礎(chǔ)，RNA測(cè)序技術(shù)也在不斷地更新迭代，現(xiàn)如今更大通量、更深精度的測(cè)序?yàn)楸姸嗫蒲泻歪t(yī)學(xué)工作者提供了豐富的工具和探索真理的手段。烈冰科技成立10余年，為科研學(xué)者提供專注的測(cè)序數(shù)據(jù)分析服務(wù)。寧波烈冰科技空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序基因測(cè)序是基...

單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)是一種在單細(xì)胞水平上對(duì)基因組、轉(zhuǎn)錄組、表觀組等進(jìn)行高通量測(cè)序分析的技術(shù)。單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)能夠在組學(xué)水平揭示細(xì)胞間的異質(zhì)性。單細(xì)胞水平細(xì)胞譜系追蹤技術(shù)位居2018年Science 雜志評(píng)選的科學(xué)突破。常規(guī)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)丟失了細(xì)胞在原組織中至關(guān)重要的空間位置信息，而單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)在進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的同時(shí)保留并記錄了細(xì)胞的空間位置信息。空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)能夠揭示細(xì)胞間的相互作用以及細(xì)胞所處的微環(huán)境，將成為發(fā)育生物學(xué)、神經(jīng)生物學(xué)、免疫生物學(xué)等領(lǐng)域的研究利器?？臻g轉(zhuǎn)錄組測(cè)序以分子方式定義病理，完成了病理數(shù)字化結(jié)合病理影像化的革新。武漢BD Rhapsody空間轉(zhuǎn)錄組平臺(tái)相比于常規(guī)...

在轉(zhuǎn)錄組學(xué)領(lǐng)域，空間轉(zhuǎn)錄組也開辟了新世界。Nature Methods在今年1月份將空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)評(píng)價(jià)為2020年度方法，空間轉(zhuǎn)錄組方法近幾年越來越受到歡迎，它將帶領(lǐng)組學(xué)在生物學(xué)的研究上進(jìn)入新的階段。從轉(zhuǎn)錄組測(cè)序到實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄測(cè)序，這一過程為精確認(rèn)識(shí)不同細(xì)胞類型提供了巨大的幫助?，F(xiàn)在，新的空間轉(zhuǎn)錄組方法不僅帶來轉(zhuǎn)錄組信息，同時(shí)還提供空間信息，幫研究者更好辨別轉(zhuǎn)錄的位置，進(jìn)一步擴(kuò)展到單細(xì)胞分辨率，這會(huì)更大程度提升科學(xué)家對(duì)單個(gè)細(xì)胞的認(rèn)識(shí)和解讀。烈冰科技成立10余年，為科研學(xué)者提供專注的測(cè)序數(shù)據(jù)分析服務(wù)。濟(jì)南上海烈冰生物空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序服務(wù)空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)流程：1、組織優(yōu)化由于不同物種、組織來源的樣本所...

高通量測(cè)序技術(shù)（High-throughputsequencing）又稱“下一代”測(cè)序技術(shù)（“Next-generation”sequencing），以能一次并行對(duì)幾十萬到幾百萬條DNA分子進(jìn)行序列測(cè)定和一般讀長(zhǎng)較短等為標(biāo)志。高通量測(cè)序技術(shù)是對(duì)傳統(tǒng)測(cè)序一次顛覆性的改變，一次對(duì)幾十萬到幾百萬條DNA分子進(jìn)行序列測(cè)定，因此在有些文獻(xiàn)中稱其為下一代測(cè)序技術(shù)(nextgenerationsequencing)足見其劃時(shí)代的改變，同時(shí)高通量測(cè)序使得對(duì)一個(gè)物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進(jìn)行細(xì)致全貌的分析成為可能，所以又被稱為深度測(cè)序(deepsequencing)。而烈冰科技具有專業(yè)生物背景和十二年科研服務(wù)經(jīng)驗(yàn)，已...

空間轉(zhuǎn)錄組研究的的必耍性：研究單細(xì)胞是想要探究細(xì)胞間的異質(zhì)性，但是常規(guī)的單細(xì)胞是將細(xì)胞解離成單細(xì)胞懸液，然后利用單細(xì)胞分離技術(shù)（微孔，微板，液滴）等方法實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞建庫(kù)，這里比較大的問題是是細(xì)胞失去了原本在組織的空間信息。然而這個(gè)空間信息在實(shí)際研究中是非常重要。特別是在研究細(xì)胞命運(yùn)機(jī)制及細(xì)胞譜系發(fā)生空間位置的信息顯得尤為重要，因此發(fā)展空問轉(zhuǎn)錄組技術(shù)實(shí)現(xiàn)細(xì)胞的位置信息的保留，對(duì)研究此類細(xì)胞狀態(tài)尤為必要?？臻g轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)的迅速發(fā)展和應(yīng)用推廣，為從多維度揭示疾病進(jìn)展提供了強(qiáng)有力的工具。廣州BD空間轉(zhuǎn)錄組服務(wù)機(jī)構(gòu)空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的數(shù)據(jù)分析基本分為三個(gè)階段：1.數(shù)據(jù)的預(yù)處理部分；2.Spot點(diǎn)陣的分群與定...

所謂的高通量測(cè)序技術(shù)，又名大規(guī)模平行測(cè)序，是將DNA（或者cDNA）隨機(jī)片段化、加接頭，制備測(cè)序文庫(kù)，通過對(duì)文庫(kù)中數(shù)以萬計(jì)的克隆(colony)進(jìn)行延伸反應(yīng)，檢測(cè)對(duì)應(yīng)的信號(hào)并獲取序列信息。與傳統(tǒng)測(cè)序法相比，高通量測(cè)序技術(shù)在處理大規(guī)模樣品時(shí)具有強(qiáng)大的優(yōu)勢(shì)，又快（兩天）又多（數(shù)百萬克隆），成為目前組學(xué)研究的主要技術(shù)?？臻g轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是一個(gè)系統(tǒng)的工程，開展項(xiàng)目前您可能會(huì)先評(píng)估它提供的見解是否與您的研究問題相匹配，如果匹配，實(shí)驗(yàn)過程如何規(guī)劃，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)如何選擇，樣本如何制備，數(shù)據(jù)如何分析等等，而在這一切開始之前，我們的服務(wù)就已經(jīng)開始了，從銷售到實(shí)驗(yàn)到專業(yè)技術(shù)支持，我們開通全線對(duì)接渠道，幫助您快速定位項(xiàng)目訴...

空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)流程：1、組織優(yōu)化由于不同物種、組織來源的樣本所需的比較好透化時(shí)間不盡相同，在正式開展空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序?qū)嶒?yàn)前，需要利用組織優(yōu)化kit進(jìn)行條件的摸索。組織優(yōu)化芯片上包含8個(gè)捕獲區(qū)域，每個(gè)區(qū)域均覆蓋了熒光標(biāo)記探針，可捕獲mRNA形成帶有熒光標(biāo)簽的cDNA，隨即可通過熒光成像結(jié)果判定比較好透化時(shí)間及組織優(yōu)化條件。2、空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序確定組織優(yōu)化條件后，即可進(jìn)行切片、H&E染色及成像、空間轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)構(gòu)建及測(cè)序分析流程。截至2021年10月，烈冰助力發(fā)表空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序文章近20篇。溫州烈冰科技空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析可視化其實(shí)，空間轉(zhuǎn)錄組的概念早就已經(jīng)存在了，目前已經(jīng)發(fā)表的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)有Slide...

轉(zhuǎn)錄組分析指對(duì)細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的分析。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序一般是對(duì)用多聚胸腺嘧啶（oligo-dT）進(jìn)行親和純化的RNA聚合酶II轉(zhuǎn)錄生成的成熟mRNA和ncRNA進(jìn)行高通量測(cè)序。相對(duì)于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺(tái)，轉(zhuǎn)錄組測(cè)序無需預(yù)先針對(duì)已知序列設(shè)計(jì)探針，即可對(duì)任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動(dòng)進(jìn)行檢測(cè)，提供更精確的數(shù)字化信號(hào)，是目前深入研究轉(zhuǎn)錄組復(fù)雜性的強(qiáng)大工具。FFPE空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)原理 為同時(shí)獲得空間表達(dá)和組織學(xué)背景信息,該方案首先將FFPE組織切片置于Visium基因芯片上進(jìn)行組織學(xué)染色和成像,然后利用切片下方Visium基因芯片上的探針進(jìn)行表達(dá)定量。高通量測(cè)序技術(shù)是對(duì)傳統(tǒng)測(cè)序一次翻天覆地的改變，一次對(duì)幾十萬到幾百...

10xGenomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫(kù)構(gòu)建的每張載玻片上有四個(gè)捕獲區(qū)域，每個(gè)捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm，包含5000個(gè)被條形碼標(biāo)記的點(diǎn)（barcodedspots），每個(gè)點(diǎn)的直徑為55μm，點(diǎn)和點(diǎn)之間中心的距離為100μm，并且每個(gè)點(diǎn)都有一個(gè)barcode序列。組織切片的細(xì)胞中會(huì)釋放出mRNA，遷移到每個(gè)spot的mRNA會(huì)被標(biāo)記上相應(yīng)的barcode序列，然后進(jìn)行文庫(kù)構(gòu)建并進(jìn)行測(cè)序。根據(jù)數(shù)據(jù)的條形碼信息對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，以確定哪些數(shù)據(jù)來自哪個(gè)位置，從而實(shí)現(xiàn)空間基因表達(dá)的可視化。全線搭建10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序平臺(tái)。廈門scRNA空間轉(zhuǎn)錄組商業(yè)化服務(wù)空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序與單細(xì)胞...

空間轉(zhuǎn)錄組研究的的必耍性：研究單細(xì)胞是想要探究細(xì)胞間的異質(zhì)性，但是常規(guī)的單細(xì)胞是將細(xì)胞解離成單細(xì)胞懸液，然后利用單細(xì)胞分離技術(shù)（微孔，微板，液滴）等方法實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞建庫(kù)，這里比較大的問題是是細(xì)胞失去了原本在組織的空間信息。然而這個(gè)空間信息在實(shí)際研究中是非常重要。特別是在研究細(xì)胞命運(yùn)機(jī)制及細(xì)胞譜系發(fā)生空間位置的信息顯得尤為重要，因此發(fā)展空問轉(zhuǎn)錄組技術(shù)實(shí)現(xiàn)細(xì)胞的位置信息的保留，對(duì)研究此類細(xì)胞狀態(tài)尤為必要?？臻g轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)遍地開花，烈冰服務(wù)讓您的生物醫(yī)學(xué)研究如虎添翼。烈冰科技空間轉(zhuǎn)錄組服務(wù)機(jī)構(gòu)轉(zhuǎn)錄組分析指對(duì)細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的分析。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序一般是對(duì)用多聚胸腺嘧啶（oligo-dT）進(jìn)行親和純化的R...

空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的數(shù)據(jù)分析基本分為三個(gè)階段：1.數(shù)據(jù)的預(yù)處理部分；2.Spot點(diǎn)陣的分群與定義；3.Spot分群的功能與生物學(xué)價(jià)值。每一個(gè)部分都不可或缺，其結(jié)果都對(duì)后續(xù)的分析結(jié)果有重要影響。由于空間轉(zhuǎn)錄組的序列結(jié)構(gòu)與單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的左端序列結(jié)構(gòu)是非常接近的，都是Cellbarcode/SpotBarcode+UMI+捕獲區(qū)域這樣的設(shè)計(jì)。右端普遍為捕獲的RNA序列。因此采用單細(xì)胞的原始數(shù)據(jù)過濾策略即可，左端可以考慮切下捕獲區(qū)域前的序列區(qū)域作為后續(xù)分析用的序列以減少分析負(fù)荷。隨后，采用10X官方的Spatialranger的策略進(jìn)行后續(xù)分析，解析出位于空間位置中的有效的Spot表達(dá)矩陣。烈冰全線實(shí)...

空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序與單細(xì)胞測(cè)序的結(jié)果不同，這里存在一個(gè)概念叫做NumberofSpotsundertissue，即，空間轉(zhuǎn)錄組片子上組織覆蓋的有效的spot位點(diǎn)。這個(gè)有效Spot的篩選標(biāo)準(zhǔn)是有UMI以及有序列表達(dá)。那么這個(gè)時(shí)候，貼片的質(zhì)量就成為了制約空間轉(zhuǎn)錄組有效區(qū)域的要點(diǎn)了。如果組織沒有很好地覆蓋到空轉(zhuǎn)片上，那么容易出現(xiàn)雖然有HE染色有組織片子，但是沒有基因表達(dá)，即無有效Spot位點(diǎn)。同樣的，另一個(gè)就是組織切片的大小，也就是說組織切片在整個(gè)玻片的覆蓋面積越小，分析的有效區(qū)域就越少。這兩者基本上決定了整個(gè)空間轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果的基礎(chǔ)質(zhì)量。十二年測(cè)序經(jīng)驗(yàn)，累計(jì)服務(wù)與5000余項(xiàng)重要科研項(xiàng)目。溫州BD空間...

烈冰與國(guó)內(nèi)高校、研究所、醫(yī)院和藥企單位開展深度合作，服務(wù)于600+臨床與研究機(jī)構(gòu)，1000+客戶和5000+重要科研項(xiàng)目，助力并聯(lián)合發(fā)表300+篇CNS等國(guó)際學(xué)術(shù)期刊（不完全統(tǒng)計(jì)），在單細(xì)胞領(lǐng)域，烈冰助力用戶發(fā)表單細(xì)胞文獻(xiàn)30+篇，總IF＞300+，IF＞10+以上文章占比65%以上，包含Immunity、NatureCellBiology、NaturePlants、AdvancedScience等生物領(lǐng)域國(guó)際主流學(xué)術(shù)期刊，已發(fā)表文章研究領(lǐng)域涵蓋包括COVID-19研究、疾病發(fā)生轉(zhuǎn)移機(jī)制，免疫研究、腦神經(jīng)、白血病、胚胎發(fā)育、糖尿病、退行性疾病和植物領(lǐng)域研究等。空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)提供了空間轉(zhuǎn)錄組...

機(jī)體為響應(yīng)各種應(yīng)激，其細(xì)胞會(huì)從一種功能“狀態(tài)”轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N功能“狀態(tài)”；當(dāng)細(xì)胞在不同狀態(tài)之間轉(zhuǎn)變時(shí)，往往會(huì)經(jīng)歷轉(zhuǎn)錄重組，導(dǎo)致一些基因被“沉默”，一些基因被重新“喚醒”，但純化這些瞬態(tài)細(xì)胞進(jìn)行研究是很困難或不可能的；scRNA-seq擬時(shí)序分析可以讓我們?cè)诓恍枰兓那闆r下查看這些細(xì)胞狀態(tài)。擬時(shí)序分析，即根據(jù)不同細(xì)胞亞群基因表達(dá)量隨時(shí)間的變化情況，構(gòu)建細(xì)胞譜系發(fā)育，但這里的時(shí)間并不是真時(shí)間，而是一個(gè)虛擬的時(shí)間，是指的細(xì)胞與細(xì)胞之間的轉(zhuǎn)化和演替的順序和軌跡。即使在同一個(gè)樣本中，也會(huì)存在多種不同的細(xì)胞形態(tài)。因此，不論測(cè)定了多少樣本，我們都可以采用擬時(shí)序分析對(duì)樣本中的細(xì)胞轉(zhuǎn)化和變化進(jìn)行描述。烈冰全線實(shí)...

空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)可以用單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的分析策略進(jìn)行分析，例如，利用GO和Pathway分析篩選不同發(fā)育時(shí)期特定空間區(qū)域內(nèi)的信號(hào)通路及其關(guān)鍵基因的較大情況，揭示在特定發(fā)育時(shí)期特定區(qū)域內(nèi)發(fā)生的生物學(xué)過程。針對(duì)任何一個(gè)基因，空間轉(zhuǎn)錄組可以顯示表達(dá)該基因的點(diǎn)陣及其空間排布；單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組可以給出該基因表達(dá)的細(xì)胞類群；原位測(cè)序可以給出該基因在細(xì)胞內(nèi)的表達(dá)狀況。通過不同發(fā)育時(shí)間點(diǎn)的信息比較，可以分析細(xì)胞類群在某個(gè)部位在不同時(shí)間點(diǎn)的差異，給出其在細(xì)胞內(nèi)的真實(shí)的演變狀況。助力探索生命時(shí)空多維度的動(dòng)態(tài)變化的生物學(xué)信息；助力生命健康醫(yī)療大時(shí)代！廣州高通量測(cè)序空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序價(jià)格空間組學(xué)可以應(yīng)用的方向：1.可以鑒定到疾...

烈冰生物真正實(shí)現(xiàn)空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的全程把控，做到從實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、空間信息標(biāo)記、建庫(kù)測(cè)序、定制化分析的全流程一站式服務(wù)，助力高分文章發(fā)表；專業(yè)實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì)保證樣本的高度一致性；專業(yè)的生物學(xué)團(tuán)隊(duì)提供個(gè)性化的產(chǎn)品應(yīng)用場(chǎng)景解讀、保持對(duì)生物學(xué)意義的關(guān)注；強(qiáng)大的生信分析團(tuán)隊(duì)一對(duì)一地進(jìn)行詳實(shí)科學(xué)的實(shí)驗(yàn)方案設(shè)計(jì)并提供多次售后分析；可接受樣品類別為冰凍組織:新鮮樣本經(jīng)液氮預(yù)冷的異戊烷速凍，-80℃保存OCT包埋組織:新鮮組織異戊烷速凍后進(jìn)行OCT包埋，或新鮮組織直接OCT包埋后-80℃速凍,注意標(biāo)明樣本方向，樣本于-80℃保存樣本處理和運(yùn)輸過程需要在低溫環(huán)境強(qiáng)勢(shì)發(fā)文！烈冰空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序助力揭示愈傷組織能再生的機(jī)制。南京B...

10xGenomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫(kù)構(gòu)建的每張載玻片上有四個(gè)捕獲區(qū)域，每個(gè)捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm，包含5000個(gè)被條形碼標(biāo)記的點(diǎn)（barcodedspots），每個(gè)點(diǎn)的直徑為55μm，點(diǎn)和點(diǎn)之間中心的距離為100μm，并且每個(gè)點(diǎn)都有一個(gè)barcode序列。組織切片的細(xì)胞中會(huì)釋放出mRNA，遷移到每個(gè)spot的mRNA會(huì)被標(biāo)記上相應(yīng)的barcode序列，然后進(jìn)行文庫(kù)構(gòu)建并進(jìn)行測(cè)序。根據(jù)數(shù)據(jù)的條形碼信息對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，以確定哪些數(shù)據(jù)來自哪個(gè)位置，從而實(shí)現(xiàn)空間基因表達(dá)的可視化。烈冰對(duì)于一個(gè)細(xì)胞群體中的每個(gè)細(xì)胞單獨(dú)進(jìn)行建庫(kù)測(cè)序分析。西安烈冰生物空間轉(zhuǎn)錄組平臺(tái)高通量測(cè)序技術(shù)（High-t...

生命科學(xué)研究的目的之一就是為了解決細(xì)胞和組織以及該組織如何影響功能這一難題。測(cè)序技術(shù)可提供特定條件下某些 組織中基因的表達(dá)信息，不僅可以推斷出相應(yīng)未知基因的功能，揭示特定調(diào)節(jié)基因的作用機(jī)制，而且可以辨別細(xì)胞的類型和異質(zhì)性，為疾病診斷提供理論依據(jù)。但由于研究的深入或具體研究方向和內(nèi)容的不同，傳統(tǒng)的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)顯然不能夠滿足科研工作者們強(qiáng)烈的好奇心，更加直觀地反映組織中基因的表達(dá)情況，隨即單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（Single-cell RNA-sequencing，scRNA-seq）、空間轉(zhuǎn)錄組（Spatial transcriptomics，ST）測(cè)序等一系列技術(shù)應(yīng)運(yùn)而生。烈冰實(shí)驗(yàn)室包含從樣本處理...

烈冰生物真正實(shí)現(xiàn)空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的全程把控，做到從實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、空間信息標(biāo)記、建庫(kù)測(cè)序、定制化分析的全流程一站式服務(wù)，助力高分文章發(fā)表；專業(yè)實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì)保證樣本的高度一致性；專業(yè)的生物學(xué)團(tuán)隊(duì)提供個(gè)性化的產(chǎn)品應(yīng)用場(chǎng)景解讀、保持對(duì)生物學(xué)意義的關(guān)注；強(qiáng)大的生信分析團(tuán)隊(duì)一對(duì)一地進(jìn)行詳實(shí)科學(xué)的實(shí)驗(yàn)方案設(shè)計(jì)并提供多次售后分析；可接受樣品類別為冰凍組織:新鮮樣本經(jīng)液氮預(yù)冷的異戊烷速凍，-80℃保存OCT包埋組織:新鮮組織異戊烷速凍后進(jìn)行OCT包埋，或新鮮組織直接OCT包埋后-80℃速凍,注意標(biāo)明樣本方向，樣本于-80℃保存樣本處理和運(yùn)輸過程需要在低溫環(huán)境空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序因其強(qiáng)大的探究疾病--細(xì)胞--基因的關(guān)系，一度成為...