為了更好地了解DON對C2C12細胞分化的影響，作者進行了轉(zhuǎn)錄組學和蛋白質(zhì)組學的整合分析。共鑒定了149個共同的***差異基因（co-DEG），其中91%被共下調(diào)（圖3A）。15%的co-DEG屬于真核細胞骨架，其中大部分屬于肌動蛋白絲，少數(shù)是中間絲和微管的成分。對co-DEG進行GO分析，生物學過程富集了“骨骼肌肌球蛋白粗絲組裝”和“快肌纖維收縮的正向調(diào)節(jié)”條目。細胞組分中富集的**個條目是“纖維蛋白原復合物”、“細胞外空間”、“細胞外基質(zhì)”、“細胞外區(qū)域”和“蛋白質(zhì)細胞外基質(zhì)”，這些都是細胞外成分（圖3B）。結(jié)果表明，DON主要影響肌肉成分的組成和功能以及多種細胞外成分的表達。通路富集分析富集到了“ECM-受體相互作用”、“蛋白質(zhì)消化和吸收”、“人**瘤病毒***”和“粘著斑”等通路。蛋白質(zhì)組學多組學分析蛋白質(zhì)組學研究進展。吉林dia蛋白組學價格
通過蛋白質(zhì)組學分析檢測了經(jīng)M-Exos處理的HBMECs的改變。外泌體***了HBMECs，在0、24和48小時各種基因的表達增加(圖2A)。此外，熱圖分析揭示了不同表達的功能基因，包括與炎癥、細胞增殖、免疫調(diào)節(jié)和血管生成相關的因素(圖2B-E)。時序分析表明，HBMECs中標記基因的上調(diào)與炎癥因子IL3RA有關，增殖相關蛋白CD40和免疫調(diào)節(jié)因子TNFRSF10C(圖2F-H)。作者主要研究外泌體是否促進人腦微血管內(nèi)皮細胞的血管生成能力，因此初步驗證了M-Exos***后血管生成相關基因的表達。蛋白質(zhì)印跡結(jié)果顯示血管生成相關基因FlK1和ANGPT1的表達明顯增強(圖2I)。綜上所述，結(jié)果證實了M-Exos誘導了人腦微血管內(nèi)皮細胞的功能改變。江蘇tmt蛋白組學定性蛋白組學近期研究進展的盤點。
采用RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學分析和DIA蛋白質(zhì)組學分析，研究了AC和AL對db/db小鼠的影響。轉(zhuǎn)錄組分析共鑒定出16812種不同的蛋白質(zhì)編碼轉(zhuǎn)錄本。其中，2837個（約16.9%）在正常組和對照組之間有***差異，表明db/db小鼠在轉(zhuǎn)錄水平上與野生型小鼠***不同。與對照組相比，共有3749個基因因攝入AC而發(fā)生***改變（2201個下調(diào)，1548個上調(diào)），560個基因（430個下調(diào)，130個上調(diào)）因攝入AL而發(fā)生***改變（圖3B）。DIA蛋白質(zhì)組學分析鑒定出2729種蛋白質(zhì)。正常組和對照組之間共發(fā)現(xiàn)1059個（約占總鑒定蛋白質(zhì)的38.8%）DEPs，AC處理有230個蛋白質(zhì)發(fā)生***變化（109個上調(diào)，121個下調(diào)），AL處理有211個蛋白質(zhì)發(fā)生***變化（116個上調(diào)，95個下調(diào)）。
通過磷酸化蛋白質(zhì)組定量鑒定了1244個磷酸化蛋白質(zhì)，其中474個（38%）在**組織中***增加，183個（15%）***下降。三種蛋白亞型中磷酸化蛋白組學的比較結(jié)果揭示了亞型特異性的活性激酶。進一步對差異改變的磷酸化位點的研究顯示，在S-I中觀察到參與黏附的底物升高和參與RNA轉(zhuǎn)運的底物減少。而基于timsTOF Pro離子淌度4D蛋白質(zhì)組技術(shù)，是對蛋白組學+磷酸化組學的雙重升級，可實現(xiàn)快速采集、更高的靈敏度和特異性，**臨床蛋白質(zhì)組學在定性數(shù)量更多、定量更準確、位點鑒定更精確、樣本需求量更低、檢測周期更短等性能上***提升，從蛋白質(zhì)表達和修飾雙重角度更好地發(fā)揮發(fā)掘分子調(diào)控機制、發(fā)現(xiàn)疾病分子分型以及發(fā)掘生物標志物等多重作用。單細胞蛋白組學之質(zhì)譜流式細胞技術(shù) 。
蛋白組學研究實用案例：東南大學醫(yī)學院院長劉必成教授領導的腎臟病研究所在Science advances期刊發(fā)表了題為“Extracellular vesicle–encapsulated IL-10 as novel nanotherapeutics against ischemic AKI"的研究成果，通過蛋白組學+多層組學研究方法，建立IL-10細胞囊泡高表達模型的構(gòu)建，提出并驗證了IL-10細胞外囊泡的靶向缺血性腎損傷的假說，探究了IL-10細胞外囊泡作為新型納米藥物的機理。中文標題：細胞外囊泡包裹的IL-10作為抗缺血性急性腎損傷的新型納米療法研究方向：新藥研發(fā)及其機制研究發(fā)表期刊：Scienceadvances影響因子：14.136發(fā)表單位：中國南京東南大學附屬中大醫(yī)院腎內(nèi)科運用生物技術(shù)：LC-MS/MS蛋白組學（由鹿明生物提供技術(shù)支持）蛋白組學—精選文章推薦。山東蛋白組學結(jié)果可靠嗎
蛋白質(zhì)組學生物標志物&機制研究一站式服務。吉林dia蛋白組學價格
TMT標記定量蛋白質(zhì)組學研究案例：2021年12月威爾康奈爾醫(yī)學中心和紀念斯隆凱特琳**中心的Linda T. Vahdat 和 Vivek Mittal教授課題組在Nature Communications期刊發(fā)表的題為 “Copper depletion modulates mitochondrial oxidative phosphorylation to impair triple negative breast cancer metastasis”的研究成果，通過蛋白質(zhì)組學和代謝組學研究方法，發(fā)現(xiàn)了高度轉(zhuǎn)移性 SOX2/OCT4+ 細胞的離散亞群表現(xiàn)出細胞內(nèi)銅水平升高特征，探究了TM 介導的復合物 IV 失活確定為 SOX2/OCT4+ 細胞群中的主要代謝缺陷，AMPK/mTORC1 能量傳感器為重要的下游途徑。描繪了銅-代謝-轉(zhuǎn)移軸，為高風險三陰性乳腺*患者的下一代治療方法提供了理論依據(jù)。中文標題：銅耗竭調(diào)節(jié)線粒體氧化磷酸化以損害三陰性乳腺*轉(zhuǎn)移研究對象：高風險三陰性乳腺*(TNBC)發(fā)表期刊：NatureCommunications影響因子：14.919發(fā)表時間：2021年12月合作單位：紀念斯隆凱特琳**中心，Sandra和EdwardMeyer**中心運用關鍵生物技術(shù)：TMT標記定量蛋白質(zhì)組學和靶向代謝組學吉林dia蛋白組學價格
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