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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組關(guān)鍵步驟：?jiǎn)渭?xì)胞的分離和捕獲：溫和分離，稀有細(xì)胞。轉(zhuǎn)錄本的捕獲和擴(kuò)增：RNA測(cè)序需要0.1-1.0ugtotalRNA，捕獲效率10%（5-**NA測(cè)序需要1ngDNA，極限稀釋加移液分離單細(xì)胞；顯微操作分選單細(xì)胞；流式分選帶有表面Marker的單細(xì)胞；激光切割實(shí)體組織；微流控技術(shù)；磁珠捕獲，主要用于CTC。它的一個(gè)優(yōu)點(diǎn)是可以結(jié)合流式細(xì)胞熒光分選（FACS,fluorescentactivatedcellsorting）根據(jù)表面Marker分選細(xì)胞。因此特別適合分選細(xì)胞子集用于測(cè)序。它的另一個(gè)優(yōu)點(diǎn)是可以獲得細(xì)胞形態(tài)全覽圖，提供另外一個(gè)維度的信息，可用于鑒定微孔中是否有損傷的...

什么是轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序？轉(zhuǎn)錄組廣義上指在某一生理?xiàng)l件下，細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄組產(chǎn)物的組合，包括：mRNA、ncRNA、rRNA等；狹義上指所有mRNA的組合。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的研究對(duì)象為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和，主要包括mRNA和ncRNA。轉(zhuǎn)錄組具有時(shí)間特異性、組織特異性、空間特異性等特點(diǎn)。無(wú)參轉(zhuǎn)錄組和有參轉(zhuǎn)錄組的區(qū)別？如果所研究的物種有組裝注釋質(zhì)量較好基因組序列，且和該基因組序列比對(duì)效率較高，那么可以采用有參轉(zhuǎn)錄組的分析策略，直接進(jìn)行分析。反之，則需要按照無(wú)參轉(zhuǎn)錄組的分析策略進(jìn)行轉(zhuǎn)錄本組裝，構(gòu)建unigene庫(kù)，然后進(jìn)行后續(xù)分析。轉(zhuǎn)錄學(xué)組測(cè)序能夠提供更普遍的檢測(cè)范圍。江蘇全長(zhǎng)...

轉(zhuǎn)錄組學(xué)為什么原核物種只能做有參轉(zhuǎn)錄組分析？由于原核生物的基因組中存在大量基因重疊區(qū)域、操縱子及多順?lè)醋樱绻凑諢o(wú)參轉(zhuǎn)錄組分析策略進(jìn)行組裝的話，難度較大，組裝結(jié)果存在較大風(fēng)險(xiǎn)。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因數(shù)目多少比較合理？不同的處理，不同的研究目標(biāo)，差異基因的數(shù)目是不同的，從幾十個(gè)到幾千個(gè)都有可能。但是如果差異基因數(shù)目是個(gè)位數(shù)或者上萬(wàn)，那么就需要和分析人員溝通一下，查一查是否有問(wèn)題。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因太多，注釋信息太雜亂，怎么挑選目標(biāo)基因？對(duì)不同的差異組合進(jìn)行維恩圖分析，挑選共有或者特有的差異基因作為后續(xù)的研究對(duì)象；根據(jù)前人的文獻(xiàn)報(bào)道，挑選相關(guān)差異基因，不要局限在自己研究的物種上。轉(zhuǎn)錄組學(xué)是一門在整體水平...

轉(zhuǎn)錄組學(xué)為什么原核物種只能做有參轉(zhuǎn)錄組分析？由于原核生物的基因組中存在大量基因重疊區(qū)域、操縱子及多順?lè)醋?，如果按照無(wú)參轉(zhuǎn)錄組分析策略進(jìn)行組裝的話，難度較大，組裝結(jié)果存在較大風(fēng)險(xiǎn)。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因數(shù)目多少比較合理？不同的處理，不同的研究目標(biāo)，差異基因的數(shù)目是不同的，從幾十個(gè)到幾千個(gè)都有可能。但是如果差異基因數(shù)目是個(gè)位數(shù)或者上萬(wàn)，那么就需要和分析人員溝通一下，查一查是否有問(wèn)題。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因太多，注釋信息太雜亂，怎么挑選目標(biāo)基因？對(duì)不同的差異組合進(jìn)行維恩圖分析，挑選共有或者特有的差異基因作為后續(xù)的研究對(duì)象；根據(jù)前人的文獻(xiàn)報(bào)道，挑選相關(guān)差異基因，不要局限在自己研究的物種上。轉(zhuǎn)錄組具有空間特異性的特...

circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)成環(huán)機(jī)制：circRNA環(huán)化方式分為內(nèi)含子環(huán)化和外顯子環(huán)化。目前主流的成環(huán)機(jī)制可歸類為：依賴于剪切體的索尾插接環(huán)化。在mRNA前體上，通過(guò)連續(xù)的組裝小核核糖體蛋白從而催化外顯子下游的5′供體的位點(diǎn)連接到上游的3′受體的位點(diǎn)，索尾插接形成環(huán)化，然后通過(guò)剪切形成circRNA。順式作用元件促進(jìn)circRNA形成。部分circRNA外顯子兩側(cè)的內(nèi)含子中含有反向互補(bǔ)序列，首先在剪切位點(diǎn)上并排形成RNA雙鏈體，再通過(guò)可變剪切形成帶內(nèi)含子和不帶內(nèi)含子兩種不同的circRNA?；蛘咄怙@子內(nèi)部以及兩側(cè)的內(nèi)含子可以競(jìng)爭(zhēng)進(jìn)行RNA配對(duì)，然后通過(guò)可變剪切形成不同類型的circRNA。轉(zhuǎn)錄組學(xué)分...

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)：10×genomics技術(shù)：首先在凝膠微珠上種上特定的DNA的片段，DNA的片段由三部分組成：Barcode、UMI、PolyT組成。Barcode是16個(gè)堿基的長(zhǎng)度。一共有400萬(wàn)種Barcode，一個(gè)微珠是對(duì)應(yīng)于一種Barcode，通過(guò)這400萬(wàn)種Barcode，可以把凝膠微珠給區(qū)分開(kāi)（通過(guò)barcode可以把cell分開(kāi)）。UMI是一段隨機(jī)序列，也就是說(shuō)每一個(gè)DNA分子，都有自己的UMI序列（一個(gè)微珠上有很多種UMI，通過(guò)UMI可以把RNA分子分開(kāi)，并可以標(biāo)記RNA分子的數(shù)量）。10個(gè)堿基長(zhǎng)的UMI，有100萬(wàn)種序列的變化（4^10=1,048,576），UMI的作用...

circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)成環(huán)機(jī)制：circRNA環(huán)化方式分為內(nèi)含子環(huán)化和外顯子環(huán)化。目前主流的成環(huán)機(jī)制可歸類為：依賴于剪切體的索尾插接環(huán)化。在mRNA前體上，通過(guò)連續(xù)的組裝小核核糖體蛋白從而催化外顯子下游的5′供體的位點(diǎn)連接到上游的3′受體的位點(diǎn)，索尾插接形成環(huán)化，然后通過(guò)剪切形成circRNA。順式作用元件促進(jìn)circRNA形成。部分circRNA外顯子兩側(cè)的內(nèi)含子中含有反向互補(bǔ)序列，首先在剪切位點(diǎn)上并排形成RNA雙鏈體，再通過(guò)可變剪切形成帶內(nèi)含子和不帶內(nèi)含子兩種不同的circRNA?；蛘咄怙@子內(nèi)部以及兩側(cè)的內(nèi)含子可以競(jìng)爭(zhēng)進(jìn)行RNA配對(duì)，然后通過(guò)可變剪切形成不同類型的circRNA。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)...

轉(zhuǎn)錄組學(xué)(Transcriptomics)，是一門在真整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科，從RNA水平研究基因的表達(dá)情況。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是通過(guò)二代測(cè)序平臺(tái)快速全方面地獲得某一物種特定細(xì)胞或組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有的轉(zhuǎn)錄本及基因序列，可以用來(lái)研究基因表達(dá)量、基因功能、結(jié)構(gòu)、可變剪接和預(yù)測(cè)新的轉(zhuǎn)錄本等等。轉(zhuǎn)錄組（transcriptome），是指特定生長(zhǎng)階段某組織或細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的匯合，狹義上指所有mRNA的匯合。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序的研究對(duì)象為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的...

全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序?yàn)槭裁葱枰獦?gòu)建兩個(gè)文庫(kù)？全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序需要構(gòu)建2個(gè)測(cè)序文庫(kù)，一個(gè)小RNA文庫(kù)和一個(gè)去除核糖體RNA的鏈特異性文庫(kù)，然后分別上機(jī)測(cè)序。小RNA長(zhǎng)度較短，一般小于50nt，采用測(cè)序策略為50SE。其他三類RNA序列一般大于200，通常在1000以上，可達(dá)幾萬(wàn)，通過(guò)片段化構(gòu)建150PE測(cè)序文庫(kù)。然后小RNA文庫(kù)可以獲得miRNA序列信息，去核糖體的鏈特異性文庫(kù)可以獲得mRNA、lncRNA和circRNA的序列信息。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。相對(duì)于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺(tái)，轉(zhuǎn)錄學(xué)組測(cè)序無(wú)需預(yù)先針對(duì)已知序列設(shè)計(jì)探針。河南轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)轉(zhuǎn)...

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)基本概念：普通轉(zhuǎn)錄組的思路也可以應(yīng)用到單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組。普通轉(zhuǎn)錄組相當(dāng)于把一群細(xì)胞混合到一起去提取RNA，獲得的是每個(gè)細(xì)胞中RNA表達(dá)量的平均值。單細(xì)胞是把每個(gè)細(xì)胞單獨(dú)分出來(lái)去提取RNA，然后建庫(kù)測(cè)序，獲得是是單個(gè)細(xì)胞的表達(dá)值。在每個(gè)細(xì)胞里面基因的表達(dá)具有隨機(jī)性，且存在異質(zhì)性。而且這些細(xì)胞群中會(huì)存在不同類型的細(xì)胞，尤其是當(dāng)我們對(duì)整個(gè)組織進(jìn)行測(cè)序時(shí)，它們本身就是由不同類型的細(xì)胞組成的，而我們用普通轉(zhuǎn)錄組來(lái)測(cè)序，相當(dāng)于掩蓋住了這些不同的細(xì)胞類型的差異，展示的是整個(gè)組織的平均的狀態(tài)，所以說(shuō)單細(xì)胞從這個(gè)來(lái)看跟普通轉(zhuǎn)錄組就不同在是用一個(gè)細(xì)胞測(cè)，不是用一堆細(xì)胞測(cè)。轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表...

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)基本概念：普通轉(zhuǎn)錄組的思路也可以應(yīng)用到單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組。普通轉(zhuǎn)錄組相當(dāng)于把一群細(xì)胞混合到一起去提取RNA，獲得的是每個(gè)細(xì)胞中RNA表達(dá)量的平均值。單細(xì)胞是把每個(gè)細(xì)胞單獨(dú)分出來(lái)去提取RNA，然后建庫(kù)測(cè)序，獲得是是單個(gè)細(xì)胞的表達(dá)值。在每個(gè)細(xì)胞里面基因的表達(dá)具有隨機(jī)性，且存在異質(zhì)性。而且這些細(xì)胞群中會(huì)存在不同類型的細(xì)胞，尤其是當(dāng)我們對(duì)整個(gè)組織進(jìn)行測(cè)序時(shí)，它們本身就是由不同類型的細(xì)胞組成的，而我們用普通轉(zhuǎn)錄組來(lái)測(cè)序，相當(dāng)于掩蓋住了這些不同的細(xì)胞類型的差異，展示的是整個(gè)組織的平均的狀態(tài)，所以說(shuō)單細(xì)胞從這個(gè)來(lái)看跟普通轉(zhuǎn)錄組就不同在是用一個(gè)細(xì)胞測(cè)，不是用一堆細(xì)胞測(cè)。轉(zhuǎn)錄組學(xué)能夠同時(shí)鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)...

全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序：由于在轉(zhuǎn)錄組研究中通常所使用的第二代測(cè)序技術(shù)具有測(cè)序讀長(zhǎng)的限制，因此在進(jìn)行測(cè)序之前，需要先將樣本的mRNA打碎為小片段，之后再通過(guò)與參考基因組比對(duì)或拼接的方式識(shí)別轉(zhuǎn)錄本，這就會(huì)造成一定的錯(cuò)誤比例，同時(shí)在也很難區(qū)分單堿基水平的差異。全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的優(yōu)勢(shì)：1、全方面鑒定可變剪切；2、發(fā)現(xiàn)更多新基因；3、有效改善基因組注釋；4、鑒定更多的LncRNA；5、準(zhǔn)確定位融合基因。研究思路：由于全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是基于第三代測(cè)序技術(shù)，因而其成本依然較高，如果全部研究項(xiàng)目均基于全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組，通常來(lái)說(shuō)很難承擔(dān)，因此，全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序一般與普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序相結(jié)合。普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序主要適用于不同的生長(zhǎng)階段或者...

轉(zhuǎn)錄組是特定發(fā)育階段或生理?xiàng)l件下細(xì)胞內(nèi)的完整轉(zhuǎn)錄信息的匯合，表示了基因表達(dá)的中間狀態(tài)。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序可以對(duì)所有轉(zhuǎn)錄物進(jìn)行分類、確定基因的轉(zhuǎn)錄結(jié)構(gòu)、量化轉(zhuǎn)錄物的表達(dá)水平。蛋白質(zhì)是生命功能的直接執(zhí)行者，蛋白組是一種細(xì)胞乃至一種生物所表達(dá)的全部蛋白質(zhì)。整合轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)的表達(dá)數(shù)據(jù)對(duì)生物樣本進(jìn)行研究，可以從整體上解釋生物學(xué)問(wèn)題，探究生物體生理和疾病機(jī)理等。轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用于胃腸瘤發(fā)生機(jī)制研究：利用轉(zhuǎn)錄組學(xué)可檢測(cè)瘤細(xì)胞惡化過(guò)程中的RNA（編碼RNA及非編碼RNA）的變化，有助于更好地理解胃腸瘤的發(fā)生機(jī)制。轉(zhuǎn)錄組學(xué)能準(zhǔn)確地識(shí)別可變剪切位點(diǎn)及cSNP，UTR區(qū)域。廣州外泌體microRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用轉(zhuǎn)錄組是...

RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)：也被稱為整個(gè)轉(zhuǎn)錄組鳥(niǎo)測(cè)序（wts）。RNA-seq包含三個(gè)步驟：測(cè)序文庫(kù)的建立，在特定平臺(tái)中測(cè)序和生物信息學(xué)分析。RNA-Seq是一種基于NGS技術(shù)的新的轉(zhuǎn)錄分析方法。采用NGS技術(shù)對(duì)從感興趣的RNA樣本序列反轉(zhuǎn)錄得到的cDNA進(jìn)行測(cè)序。簡(jiǎn)而言之，就是對(duì)剪切變體、轉(zhuǎn)錄后RNA編輯、內(nèi)含子表達(dá)水平和特定等位基因的表達(dá)情況進(jìn)行定性和定量分析。RNA-Seq原理：在對(duì)基因組測(cè)序和分析研究的同時(shí)，復(fù)雜的轉(zhuǎn)錄組研究也普遍發(fā)展起來(lái)。利用高通量測(cè)序技術(shù)平臺(tái)分析轉(zhuǎn)錄組的結(jié)構(gòu)和表達(dá)水平情況，更能挖掘未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本信息，精確地識(shí)別RNA的選擇性剪切以及編碼序列的單核苷酸多態(tài)性（SP...

普通轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序適用于哪些情況？普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序主要適用于兩大類：一是不同的生長(zhǎng)階段或者發(fā)育過(guò)程；二是不同的環(huán)境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序必須做生物學(xué)重復(fù)么？需要幾個(gè)重復(fù)？生物學(xué)重復(fù)是生物實(shí)驗(yàn)所必須的，轉(zhuǎn)錄組測(cè)序也不例外，至少3次生物學(xué)重復(fù)。準(zhǔn)備生物重復(fù)樣品時(shí)，通過(guò)對(duì)實(shí)驗(yàn)的預(yù)先設(shè)計(jì)和控制，盡可能將與實(shí)驗(yàn)處理無(wú)關(guān)的背景條件控制在同一水平，減少批次效應(yīng)對(duì)結(jié)果的影響。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序可以同時(shí)測(cè)到mRNA、lncRNA、micRNA以及circRNA么？我們通常所講的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序只能測(cè)到mRNA。但是全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序通過(guò)構(gòu)建兩個(gè)測(cè)序文庫(kù)（一是小RNA測(cè)序文庫(kù)、二是lncRNA測(cè)序文庫(kù)）是可以測(cè)到以...

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)：?jiǎn)渭?xì)胞轉(zhuǎn)錄組目前主要有三種方法：SMART擴(kuò)增技術(shù)、10×genomics技術(shù)及Andeplete技術(shù)。SMART擴(kuò)增技術(shù)比較關(guān)鍵的技術(shù)，就是設(shè)計(jì)了2個(gè)特殊的引物。再配合用MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄。特殊引物1由中間PolyT序列加上一段通用序列及3’末端兩個(gè)簡(jiǎn)并堿基構(gòu)成，但在PolyT的3’端倒數(shù)第二個(gè)堿基是A、C、G而非T的簡(jiǎn)并堿基，而倒數(shù)第1個(gè)為簡(jiǎn)并堿基，這樣做的好處是讓它正好結(jié)合在mRNA的3’端連到Poly(A)尾巴的這個(gè)連接處，而不會(huì)結(jié)合到mRNA的別的地方。這樣就保證了逆轉(zhuǎn)錄的起始位置正好是mRNA的3’端的序列終止位置。MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶，這個(gè)酶有個(gè)特點(diǎn)，就是...

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)：?jiǎn)渭?xì)胞轉(zhuǎn)錄組目前主要有三種方法：SMART擴(kuò)增技術(shù)、10×genomics技術(shù)及Andeplete技術(shù)。SMART擴(kuò)增技術(shù)比較關(guān)鍵的技術(shù)，就是設(shè)計(jì)了2個(gè)特殊的引物。再配合用MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄。特殊引物1由中間PolyT序列加上一段通用序列及3’末端兩個(gè)簡(jiǎn)并堿基構(gòu)成，但在PolyT的3’端倒數(shù)第二個(gè)堿基是A、C、G而非T的簡(jiǎn)并堿基，而倒數(shù)第1個(gè)為簡(jiǎn)并堿基，這樣做的好處是讓它正好結(jié)合在mRNA的3’端連到Poly(A)尾巴的這個(gè)連接處，而不會(huì)結(jié)合到mRNA的別的地方。這樣就保證了逆轉(zhuǎn)錄的起始位置正好是mRNA的3’端的序列終止位置。MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶，這個(gè)酶有個(gè)特點(diǎn)，就是...

轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用于胃腸瘤轉(zhuǎn)移機(jī)制研究：circRNA是一種非編碼RNA，可以多種方式參與生物學(xué)功能，如細(xì)胞增殖、細(xì)胞周期、侵襲和轉(zhuǎn)移等。近年來(lái)研究發(fā)現(xiàn)，環(huán)狀RNA可以通過(guò)海綿吸附微小RNA和RNA結(jié)合蛋白參與轉(zhuǎn)錄后調(diào)控，從而影響瘤耐藥過(guò)程中的DNA修復(fù)、凋亡、增殖、細(xì)胞轉(zhuǎn)運(yùn)，以及介導(dǎo)瘤耐藥的細(xì)胞內(nèi)酶，進(jìn)而在瘤耐藥中發(fā)揮重要調(diào)節(jié)作用。有研究證實(shí)通過(guò)干擾環(huán)狀RNA的表達(dá)，可以提高瘤對(duì)藥物的敏感性，提示環(huán)狀RNA可能為抗瘤藥物耐藥性的研究提供新的靶點(diǎn)。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于植物生長(zhǎng)機(jī)制的發(fā)現(xiàn)及干預(yù)。上海SmalIRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)服務(wù)全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序：狹義的轉(zhuǎn)錄組默認(rèn)只包含mRNA，但是廣義的轉(zhuǎn)錄組指的是細(xì)胞或組...

circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)：是一類具有閉合環(huán)狀結(jié)構(gòu)的非編碼RNA分子，沒(méi)有5′帽子結(jié)構(gòu)和3′poly（A）結(jié)構(gòu)，主要位于細(xì)胞質(zhì)或儲(chǔ)存于外泌體中，不受RNA外切酶影響，表達(dá)更穩(wěn)定且不易降解，已被證明普遍存在于多種真核生物體內(nèi)[1]。大多數(shù)circRNA是由外顯子環(huán)化而成，也有部分circRNA是由內(nèi)含子環(huán)化而成的套索結(jié)構(gòu)。同時(shí)由于circRNA含有大量的miRNA應(yīng)答原件（MREs），能與AGO蛋白形成RNA誘導(dǎo)沉默復(fù)合體（RISC）的催化關(guān)鍵，然后導(dǎo)致circRNA降解。根據(jù)來(lái)源，circRNA可大致分為四類：全外顯子型的circRNA，內(nèi)含子和外顯子組合的EIcircRNA，內(nèi)含子組成的套索型c...

轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用領(lǐng)域：農(nóng)林領(lǐng)域：生長(zhǎng)發(fā)育機(jī)制，抗逆脅迫機(jī)制，育種，物種保護(hù)研究等；畜牧業(yè)：生長(zhǎng)發(fā)育機(jī)制，致病機(jī)理研究，肉類及乳制品品質(zhì)研究等；海洋水產(chǎn)：生長(zhǎng)發(fā)育機(jī)制，漁業(yè)資源，漁業(yè)環(huán)境與水產(chǎn)品安全等；微生物：致病機(jī)理，耐藥機(jī)制，病原體-宿主相互作用研究等；生物醫(yī)藥：生物標(biāo)志物，疾病機(jī)理機(jī)制，疾病分型，藥物開(kāi)發(fā)，個(gè)性化醫(yī)治等；環(huán)境科學(xué)：發(fā)酵過(guò)程優(yōu)化，生物燃料生產(chǎn)，環(huán)境危害風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估研究等；食品科學(xué)：食品儲(chǔ)藏及加工條件優(yōu)化，食品組分及品質(zhì)鑒定，功能性食品開(kāi)發(fā)，食品安全監(jiān)檢測(cè)等。轉(zhuǎn)錄學(xué)組測(cè)序能夠提供更普遍的檢測(cè)范圍。北京全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄學(xué)組技術(shù)服務(wù)什么叫轉(zhuǎn)錄組學(xué)？廣義轉(zhuǎn)錄組是指生命單元(通常是一種細(xì)胞)中所有按基...

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序結(jié)果的影響因素？RNA的降解嚴(yán)重影響測(cè)序的質(zhì)量，RNA降解后，加入poly-A后無(wú)法捕獲純化mRNA，因此，隨機(jī)引物反轉(zhuǎn)錄無(wú)法得到全部的cDNA，導(dǎo)致測(cè)序結(jié)果出現(xiàn)明顯的3‘-和5’-偏向。文庫(kù)中的poly-A多聚物的存在會(huì)對(duì)測(cè)序信號(hào)產(chǎn)生干擾，影響測(cè)序結(jié)果的準(zhǔn)確性；同時(shí)由于轉(zhuǎn)錄組中轉(zhuǎn)錄本的豐度不一致，實(shí)驗(yàn)前需要對(duì)樣本進(jìn)行均一化處理，否則高豐度的表達(dá)基因會(huì)掩蓋低豐度表達(dá)基因，導(dǎo)致尋找新基因失敗或者是獲得大量無(wú)意義的重復(fù)序列。轉(zhuǎn)錄組學(xué)無(wú)需了解物種基因信息，能夠直接對(duì)任何物種進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析。浙江宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組研究?jī)?nèi)容全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序：由于在轉(zhuǎn)錄組研究中通常所使用的第二代測(cè)序技術(shù)具有測(cè)序讀長(zhǎng)的限...

轉(zhuǎn)錄組學(xué)：轉(zhuǎn)錄組學(xué)是研究特定的細(xì)胞、組織或個(gè)體在特定時(shí)間和狀態(tài)下所轉(zhuǎn)錄出所有RNA的學(xué)科，轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是指利用高通量測(cè)序方法，研究特定的細(xì)胞、組織或個(gè)體在特定時(shí)間和狀態(tài)下所轉(zhuǎn)錄出的所有mRNA，用于揭示不同功能狀態(tài)下的基因表達(dá)、結(jié)構(gòu)的差異，闡明分子機(jī)制。應(yīng)用領(lǐng)域：醫(yī)學(xué)研究：疾病標(biāo)志物篩查、疾病的診斷和分型、疾病復(fù)發(fā)診斷、病因與病理機(jī)制探究、臨床療效評(píng)價(jià)、藥物毒理學(xué)評(píng)價(jià)。生命科學(xué)研究：非生物環(huán)境關(guān)系研究、植物與微生物、在表型鑒定中的應(yīng)用、代謝途徑及功能基因組研究、藥用植物研究中的應(yīng)用。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于基因點(diǎn)突變及多態(tài)性檢測(cè)。深圳轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)成環(huán)機(jī)制：circRNA環(huán)化方式分為...

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序流程：1、樣品RNA準(zhǔn)備。2、測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建。3、DNA成簇(Cluster)擴(kuò)增。4、高通量測(cè)序(Illumina)。5、數(shù)據(jù)分析。轉(zhuǎn)錄組的分析大致有以下幾種情況：1、同一物種在發(fā)育過(guò)程中的各時(shí)間節(jié)點(diǎn)的基因表達(dá)特點(diǎn)及存在的差異；2、不同品系之間存在的差異表達(dá)基因；3、不同的外界條件處理，如細(xì)菌、病毒、光照、紫外、干旱、高溫、高鹽脅迫，對(duì)基因表達(dá)的影響；4、同一個(gè)體，不同組織之間的基因表達(dá)差異。簡(jiǎn)而言之，轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以對(duì)任意物種進(jìn)行全基因組分析。武漢轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析轉(zhuǎn)錄組學(xué)(transcriptomics)是功能基因組學(xué)(FunctionalGen...

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)優(yōu)勢(shì)：RNA-seq技術(shù)可以檢測(cè)到低水平表達(dá)、未識(shí)別的轉(zhuǎn)錄子和新拼接亞型基因。另一方面，與基因芯片相比，RNA-Seq有一個(gè)更廣的檢測(cè)動(dòng)態(tài)范圍，可以研究編碼和非編碼RNA，更易于基因網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建、發(fā)現(xiàn)選擇性剪切轉(zhuǎn)錄物，檢測(cè)到等位基因的具體表達(dá)方式，也可以用來(lái)提取基因型信息。在RNA-Seq單細(xì)胞研究中，一個(gè)主要優(yōu)勢(shì)是可以分析整個(gè)轉(zhuǎn)錄序列，而不是有限制數(shù)量的基因，并且，研究DNA和RNA的方法并不是相互排斥的，他們可以相互結(jié)合使用，產(chǎn)生更多的生物學(xué)上重要的信息。普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序主要適用于不同的環(huán)境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。濟(jì)南circ RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析鑒定什么叫轉(zhuǎn)錄組...

全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序?yàn)槭裁葱枰獦?gòu)建兩個(gè)文庫(kù)？全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序需要構(gòu)建2個(gè)測(cè)序文庫(kù)，一個(gè)小RNA文庫(kù)和一個(gè)去除核糖體RNA的鏈特異性文庫(kù)，然后分別上機(jī)測(cè)序。小RNA長(zhǎng)度較短，一般小于50nt，采用測(cè)序策略為50SE。其他三類RNA序列一般大于200，通常在1000以上，可達(dá)幾萬(wàn)，通過(guò)片段化構(gòu)建150PE測(cè)序文庫(kù)。然后小RNA文庫(kù)可以獲得miRNA序列信息，去核糖體的鏈特異性文庫(kù)可以獲得mRNA、lncRNA和circRNA的序列信息。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序樣品純度要求，電泳檢測(cè)28S:18S至少大于1.8。外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法...

普通轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序適用于哪些情況？普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序主要適用于兩大類：一是不同的生長(zhǎng)階段或者發(fā)育過(guò)程；二是不同的環(huán)境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序必須做生物學(xué)重復(fù)么？需要幾個(gè)重復(fù)？生物學(xué)重復(fù)是生物實(shí)驗(yàn)所必須的，轉(zhuǎn)錄組測(cè)序也不例外，至少3次生物學(xué)重復(fù)。準(zhǔn)備生物重復(fù)樣品時(shí)，通過(guò)對(duì)實(shí)驗(yàn)的預(yù)先設(shè)計(jì)和控制，盡可能將與實(shí)驗(yàn)處理無(wú)關(guān)的背景條件控制在同一水平，減少批次效應(yīng)對(duì)結(jié)果的影響。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序可以同時(shí)測(cè)到mRNA、lncRNA、micRNA以及circRNA么？我們通常所講的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序只能測(cè)到mRNA。但是全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序通過(guò)構(gòu)建兩個(gè)測(cè)序文庫(kù)（一是小RNA測(cè)序文庫(kù)、二是lncRNA測(cè)序文庫(kù)）是可以測(cè)到以...

轉(zhuǎn)錄組分析是目前應(yīng)用比較廣的高通量測(cè)序分析技術(shù)之一。常見(jiàn)設(shè)計(jì)是不同樣品之間比較，尋找差異基因、標(biāo)志基因、協(xié)同變化基因、差異剪接和新轉(zhuǎn)錄本，并進(jìn)行結(jié)果可視化、功能注釋和網(wǎng)絡(luò)分析等。轉(zhuǎn)錄組的測(cè)序分析也相對(duì)成熟，從RNA提取、構(gòu)建文庫(kù)、上機(jī)測(cè)序再到結(jié)果解析既可以自己完成，又可以在專業(yè)公司進(jìn)行。概括來(lái)看轉(zhuǎn)錄組的分析流程比較簡(jiǎn)單，序列比對(duì)-轉(zhuǎn)錄本拼接(可選)-表達(dá)定量-差異基因-功能富集-定制分析。整個(gè)環(huán)節(jié)清晰流暢，可以作為剛開(kāi)始接觸高通量測(cè)序?qū)W習(xí)比較合適的技術(shù)之一。轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。湖北全轉(zhuǎn)錄學(xué)組分析宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組概念：宏轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是對(duì)某一特定時(shí)期、特定環(huán)境樣品中的全部微生物的RN...

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)試步驟：第1步就是把單個(gè)細(xì)胞分選出來(lái)。分選的方式也比較多，物理切割，酶消化，F(xiàn)ACS分選等。假如已經(jīng)分到了一個(gè)單細(xì)胞，跟常規(guī)的轉(zhuǎn)錄組步驟上是一樣的。下一步就是把單細(xì)胞里的RNA提取出來(lái)去建庫(kù)測(cè)序。但是一個(gè)細(xì)胞里的RNA含量是比較少的，難建庫(kù)成功。這個(gè)里面“量”的概念很有意思。比如說(shuō)單細(xì)胞量少，需要特殊處理。因?yàn)閱渭?xì)胞里面RNA的量少，所以說(shuō)整個(gè)富集的過(guò)程中會(huì)出現(xiàn)一部分基因在一個(gè)細(xì)胞里能檢測(cè)到，在另外一個(gè)細(xì)胞里面檢測(cè)不到，而每個(gè)細(xì)胞里面的檢測(cè)存在一個(gè)隨機(jī)性，同時(shí)單細(xì)胞測(cè)序深度比較低，所以說(shuō)分析時(shí)相比于普通轉(zhuǎn)錄組有一些是需要特別注意，但整體的分析思路是類似的。轉(zhuǎn)錄學(xué)組測(cè)序能夠提供更...

轉(zhuǎn)錄組學(xué)和基因組學(xué)目前有實(shí)用價(jià)值嗎?二者實(shí)用價(jià)值非常大，尤其是對(duì)有瘤的患者的醫(yī)治，簡(jiǎn)直顛覆了傳統(tǒng)醫(yī)治的模式。轉(zhuǎn)錄組和基因組月在生物學(xué)研究中有著重要價(jià)值。例如研究某個(gè)基因功能的時(shí)候，可以構(gòu)建該基因的敲除或者過(guò)表達(dá)生物，然后對(duì)比野生型進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析看看該基因涉及什么表達(dá)網(wǎng)絡(luò)。此外在醫(yī)學(xué)方面的應(yīng)用也很大，例如在有的瘤病人中進(jìn)行基因組學(xué)測(cè)序和分析能夠了解其中的發(fā)生的發(fā)展的驅(qū)動(dòng)基因，然后能根據(jù)發(fā)展的驅(qū)動(dòng)基因研究靶向藥物，從而推動(dòng)瘤的藥物研發(fā)和醫(yī)治！轉(zhuǎn)錄組學(xué)無(wú)需預(yù)先設(shè)計(jì)特異性探針。山東轉(zhuǎn)錄組學(xué)主要技術(shù)轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序結(jié)果的影響因素？RNA的降解嚴(yán)重影響測(cè)序的質(zhì)量，RNA降解后，加入poly-A后無(wú)法捕獲純化m...

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序類型：1.根據(jù)RNA種類：可以分為mRNA測(cè)序，SmallRNA測(cè)序，LncRNA測(cè)序、CircRNA測(cè)序、全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序等。2.根據(jù)物種特點(diǎn)：比如真核生物或者原核生物，是否有參考基因組，測(cè)序平臺(tái)的不同，分為真核有參和無(wú)參轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，原核轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序等。3.根據(jù)相互關(guān)系：分為互作轉(zhuǎn)錄組，比較轉(zhuǎn)錄組等等；此外，基因組甲基化會(huì)影響到基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控，也屬于轉(zhuǎn)錄調(diào)控測(cè)序范疇；還有用于研究轉(zhuǎn)錄因子與DNA的交互作用或組蛋白修飾在基因組上的分布的ChIP-Seq，研究RNA與蛋白互作關(guān)系的RIP-Seq，以及研究RNA甲基化的MeRIP-Seq等。轉(zhuǎn)錄學(xué)組測(cè)序能夠提供更高的檢測(cè)通量...