Label Free 非標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)優(yōu)點(diǎn):無(wú)需標(biāo)記,比較大程度的保留樣本的真實(shí)性;可以區(qū)分“有”、“無(wú)”蛋白;不受標(biāo)簽數(shù)量的限制,多個(gè)樣本可以同時(shí)進(jìn)行蛋白定量分析;不同物種和不同的樣本類(lèi)型可以同時(shí)開(kāi)展蛋白定量分析;處理步驟簡(jiǎn)單,成本低。 DIA 定量...
蛋白質(zhì)翻譯后修飾組學(xué)技術(shù)原理:首先將蛋白樣本酶解成肽段混合物,然后使用液相色譜對(duì)酶解后的肽段混合物進(jìn)行組分分離以降低樣本復(fù)雜程度,然后通過(guò)高質(zhì)量的修飾類(lèi)抗體和生物材料對(duì)修飾肽段進(jìn)行富集,之后上樣至液相色譜 - 串聯(lián)質(zhì)譜中進(jìn)行分析,通過(guò)相應(yīng)的數(shù)據(jù)庫(kù)檢索匹配,一次...
全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序:由于在轉(zhuǎn)錄組研究中通常所使用的第二代測(cè)序技術(shù)具有測(cè)序讀長(zhǎng)的限制,因此在進(jìn)行測(cè)序之前,需要先將樣本的mRNA打碎為小片段,之后再通過(guò)與參考基因組比對(duì)或拼接的方式識(shí)別轉(zhuǎn)錄本,這就會(huì)造成一定的錯(cuò)誤比例,同時(shí)在也很難區(qū)分單堿基水平的差異。全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)...
代謝組學(xué)的研究領(lǐng)域有哪些?1、疾病機(jī)制研究。2、疾病診斷與防治。3、新藥篩選和開(kāi)發(fā)。4、藥物作用機(jī)制的研究。5、藥物毒性評(píng)價(jià)。6、植物的細(xì)胞代謝組學(xué)研究。7、微生物代謝組學(xué)研究。代謝組能夠檢測(cè)到的代謝物含量是多少?不同檢測(cè)平臺(tái)的靈敏度不一樣,靈敏度比較高,可達(dá)...
蛋白質(zhì)組學(xué)研究應(yīng)用:近年來(lái)蛋白質(zhì)組研究技術(shù)已被應(yīng)用到各種生命科學(xué)領(lǐng)域,覆蓋了原核微生物、真核微生物、植物和動(dòng)物等范圍,涉及到各種重要的生物學(xué)現(xiàn)象,如信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、細(xì)胞分化、蛋白質(zhì)折疊等。生物信息學(xué)的發(fā)展已給蛋白質(zhì)組研究提供了更方便、有效的計(jì)算機(jī)分析軟件,隨著基因組...
蛋白質(zhì)組學(xué)主要以全蛋白組(組織、細(xì)胞)、線粒體蛋白組、葉綠體蛋白組和外泌體蛋白組為研究對(duì)象,通過(guò)對(duì)蛋白組進(jìn)行定性、定量、分子功能分析、通路互作分析和蛋白互作分析,揭示生物學(xué)功能、作用機(jī)制、疾病診斷的標(biāo)志物以及預(yù)測(cè)蛋白的上、下游變化關(guān)系。蛋白質(zhì)組學(xué)可以克服核酸水...
蛋白質(zhì)組學(xué)的分析介紹:蛋白質(zhì)組學(xué)的分析主要指蛋白的生信分析,依賴(lài)于數(shù)據(jù)庫(kù)的建立?,F(xiàn)在常用的蛋白質(zhì)組學(xué)生信分析有GO功能分析和KEGG通路分析。GO(gene ontology)是基因本體聯(lián)合會(huì)(Gene Onotology Consortium)所建立的數(shù)據(jù)庫(kù)...
蛋白質(zhì)組學(xué)樣品寄樣要求:動(dòng)物組織的樣本蛋白量相對(duì)較高,送樣量的要求也相對(duì)比較寬松,一般提供50~100mg的量即可。此外,組織上有血跡、脂肪、結(jié)締組織的還需要用PBS和組織剪將其清理干凈。送樣前將樣品用液氮速凍5min,放置在-80℃保存,送樣時(shí)需要置于干冰環(huán)...
蛋白質(zhì)翻譯后修飾加入的官能團(tuán)反應(yīng)有:1、乙?;ǔS诘鞍踪|(zhì)的N末端加入乙酰。2、烷基化——加入如甲基或乙基等烷基。3、甲基化——烷基化中常見(jiàn)的一種,在賴(lài)氨酸、精氨酸等的側(cè)鏈氨基上加入甲基。4、生物素化——用生物素附加物令保存的賴(lài)氨酸?;?。5、谷氨酸化——在...
轉(zhuǎn)錄組測(cè)序推薦的測(cè)序數(shù)據(jù)量?轉(zhuǎn)錄組測(cè)序所需數(shù)據(jù)量與所研究物種的基因組大小有關(guān),基因組越大,則所需數(shù)據(jù)量越大。按照我們的經(jīng)驗(yàn)來(lái)說(shuō):常規(guī)物種一般建議6G數(shù)據(jù)即可;基因組較大的物種推薦8G以上數(shù)據(jù),比如:小麥建議10G數(shù)據(jù)起,甘蔗、甘薯建議至少8G數(shù)據(jù)。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序必...
宏轉(zhuǎn)錄組分析:從以G為單位的高通量測(cè)序數(shù)據(jù)中獲取研究所需的微生物種類(lèi)、基因、通路等信息是進(jìn)行宏轉(zhuǎn)錄組研究必須經(jīng)歷的一步?,F(xiàn)在網(wǎng)絡(luò)上分析組學(xué)數(shù)據(jù)的工具五花八門(mén)。能否從眾多組學(xué)工具中選擇出適合分析宏轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的軟件,能否搭建一套完整、快速、高效、靈敏、高精確的宏轉(zhuǎn)...
蛋白組究竟研究原因:首先,由于翻譯調(diào)控和翻譯后調(diào)控的存在,RNA的表達(dá)量與實(shí)際對(duì)應(yīng)蛋白質(zhì)的含量相關(guān)性并不高,就簡(jiǎn)單地測(cè)試了酵母中mRNA和對(duì)應(yīng)蛋白質(zhì)的定量相關(guān)性,結(jié)果是,低豐度蛋白與mRNA的相關(guān)性尤其低,而高豐度蛋白和其mRNA的相關(guān)性則高,經(jīng)過(guò)平均后r值只...
蛋白質(zhì)翻譯后修飾在蛋白質(zhì)中磷酸化位點(diǎn)分析時(shí)應(yīng)該注意些什么問(wèn)題?覆蓋率:覆蓋率越高,檢測(cè)和鑒定含有修飾基團(tuán)的肽幾率就越大。修飾位點(diǎn)的占有率:被修飾的蛋白質(zhì)的百分比低,則檢測(cè)到修飾肽的機(jī)會(huì)會(huì)隨之減少。如果百分比較高(> 30%),則有助于識(shí)別修飾位點(diǎn)。棕櫚?;鞍?..
蛋白質(zhì)組學(xué)植物篇樣品寄樣要求:植物相較于動(dòng)物,蛋白占比不高,所以送樣在量上面的要求會(huì)多一些,推薦送500mg以上的量可以確保實(shí)驗(yàn)?zāi)軌蛱崛〉匠渥愕牡鞍?。如果是種仁、豆類(lèi)等蛋白含量比較高的,200mg足以完成抽提。處理樣本需要用PBS將樣本表面的泥土等雜質(zhì)沖洗干凈...
轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用領(lǐng)域:海洋水產(chǎn):生長(zhǎng)發(fā)育機(jī)制,漁業(yè)資源,漁業(yè)環(huán)境與水產(chǎn)品安全等;微生物:致病機(jī)理,耐藥機(jī)制,病原體-宿主相互作用研究等;生物醫(yī)藥:生物標(biāo)志物,疾病機(jī)理機(jī)制,疾病分型,藥物開(kāi)發(fā),個(gè)性化醫(yī)治等;環(huán)境科學(xué):發(fā)酵過(guò)程優(yōu)化,生物燃料生產(chǎn),環(huán)境危害風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估研究...
蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)方法:等電聚焦:等電聚焦(isoelectric focusing,IEF)是一種利用有pH梯度的介質(zhì)分離等電點(diǎn)不同的蛋白質(zhì)的電泳技術(shù)。等電聚焦凝膠電泳依據(jù)蛋白質(zhì)分子的靜電荷或等電點(diǎn)進(jìn)行分離,等電聚焦中,蛋白質(zhì)分子在含有載體兩性電解質(zhì)形成的一個(gè)連...
蛋白質(zhì)組學(xué)是以蛋白質(zhì)組為研究對(duì)象,研究細(xì)胞、組織或生物體蛋白質(zhì)組成及其變化規(guī)律的科學(xué)。蛋白質(zhì)組學(xué)研究不只是探索生命奧秘的必須工作,也能為人類(lèi)健康事業(yè)帶來(lái)巨大的利益,是生命科學(xué)進(jìn)入后基因時(shí)代的特征。蛋白質(zhì)是生命存在和運(yùn)動(dòng)的物質(zhì)基礎(chǔ),是細(xì)胞增殖、分化、衰老和凋亡等...
泛素化修飾蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)原理:盡管質(zhì)譜儀器的分析能力近年來(lái)有了長(zhǎng)足的發(fā)展,但是由于蛋白翻譯后修飾化學(xué)計(jì)量值低、復(fù)雜性大,直接將蛋白組(如全細(xì)胞裂解產(chǎn)物,組織勻漿產(chǎn)物或全血清蛋白)的酶解肽段送入質(zhì)譜鑒定和定量PTM是非常困難的。因此,很多翻譯后修飾的富集方法會(huì)被...
乙?;揎椀鞍捉M學(xué)簡(jiǎn)介:乙酰化是把一種乙酰官能基團(tuán)添加到另一種有機(jī)化合物上,并進(jìn)行結(jié)合的過(guò)程。乙?;彩羌?xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)翻譯后修飾的一種重要形式,其主要發(fā)生在組蛋白賴(lài)氨酸上,是由組蛋白乙酰轉(zhuǎn)移酶 (HATs) 催化的,其反過(guò)程去乙?;山M蛋白去乙酰酶 (Histo...
4D定量蛋白質(zhì)組學(xué) :目前,蛋白質(zhì)組學(xué)質(zhì)譜分析一般是根據(jù)保留時(shí)間(retention time)、質(zhì)荷比(m/z)、離子強(qiáng)度(intensity)這三個(gè)維度對(duì)肽蛋白質(zhì)進(jìn)行鑒定和定量,即3D蛋白質(zhì)組學(xué)。4D蛋白質(zhì)組學(xué)在3D蛋白質(zhì)組學(xué)的基礎(chǔ)之上增加了第四維度,離子...
翻譯后修飾蛋白組分析:蛋白質(zhì)翻譯后修飾(PTMs)是指蛋白質(zhì)在翻譯中或翻譯后的化學(xué)修飾過(guò)程。蛋白質(zhì)翻譯后修飾(PTMs)通過(guò)給蛋白質(zhì)添加磷酸酯、乙酸酯、酰胺基或甲基等官能團(tuán)增加蛋白質(zhì)組的功能多樣性,并影響正常細(xì)胞生物學(xué)和發(fā)病機(jī)理的幾乎所有方面。蛋白質(zhì)翻譯后修飾...
蛋白質(zhì)翻譯后修飾分析策略:早期蛋白質(zhì)組研究的大部分工作集中在細(xì)胞生長(zhǎng)的不同時(shí)期,或疾病或有絲分裂原刺激后的蛋白質(zhì)表達(dá)水平的變化。然而,許多生命過(guò)程不僅受蛋白質(zhì)的相對(duì)豐度控制,還受時(shí)空分布可逆的翻譯后修飾控制。因此,揭示翻譯后修飾的規(guī)律是了解蛋白質(zhì)復(fù)雜性和多樣的...
什么是轉(zhuǎn)錄組測(cè)序?轉(zhuǎn)錄組廣義上指在某一生理?xiàng)l件下,細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄組產(chǎn)物的組合,包括:mRNA、ncRNA、rRNA等;狹義上指所有mRNA的組合。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的研究對(duì)象為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和,主要包括mRNA和ncRNA。轉(zhuǎn)錄組...
轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的方法:轉(zhuǎn)錄組學(xué)是一門(mén)在整體水平上研究細(xì)胞中所有基因轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。在早期,由于測(cè)序價(jià)格昂貴、基因序列數(shù)目有限,轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究者只能進(jìn)行極少數(shù)特定基因的結(jié)構(gòu)功能分析和表達(dá)研究。近十幾年,分子生物學(xué)技術(shù)的快速發(fā)展使高通量分析成為可能,這為真正...
什么叫轉(zhuǎn)錄組?廣義轉(zhuǎn)錄組是指生命單元(通常是一種細(xì)胞)中所有按基因信息單元轉(zhuǎn)錄和加工的RNA分子(包括編碼和非編碼RNA功能單元),或者是一個(gè)特定細(xì)胞所有轉(zhuǎn)錄本的總和.它的研究對(duì)象就是這些RNA與蛋白質(zhì)分子和它們所組成的基因功能網(wǎng)絡(luò)以及它們與細(xì)胞功能的關(guān)系.而...
蛋白翻譯后修飾位點(diǎn)鑒定:蛋白質(zhì)翻譯后修飾(Post-Translational Modifications, PTMs)幾乎參與了細(xì)胞所有正常生命活動(dòng)的過(guò)程,并發(fā)揮十分重要的調(diào)控作用。蛋白質(zhì)修飾位點(diǎn)能夠影響蛋白的多種屬性,包括蛋白質(zhì)折疊、活性以及之后的功能,對(duì)...
circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)生物學(xué)功能:circRNA主要存在于細(xì)胞質(zhì)或外泌體中,具有組織特異性、疾病特異性、時(shí)序特異性及高穩(wěn)定性等特征。近幾年,大量的研究表明circRNA在生物的生長(zhǎng)發(fā)育、脅迫應(yīng)答、疾病發(fā)生和發(fā)展等方面密切相關(guān),并預(yù)測(cè)其在疾病診斷標(biāo)記物等方面的應(yīng)...
蛋白質(zhì)組學(xué)介紹:蛋白質(zhì)組學(xué),指對(duì)某一基因組所表達(dá)的所有蛋白質(zhì)及其特征進(jìn)行大規(guī)模、系統(tǒng)化地研究,以期望在蛋白質(zhì)水平上解釋控制復(fù)雜的生命活動(dòng)的分子網(wǎng)絡(luò)。研究的內(nèi)容主要包括:組成蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu)氨基酸的序列特征、蛋白質(zhì)的豐度、蛋白質(zhì)活性、蛋白質(zhì)的修飾、亞細(xì)胞定位和三維...
蛋白質(zhì)組學(xué)在醫(yī)療和健康方面有什么應(yīng)用?作為主要研究策略的蛋白質(zhì)組學(xué):這與題目中的描述更相關(guān)些,蛋白質(zhì)組學(xué)是研究中的關(guān)鍵方法(甚至是唯1方法)。具體而言,蛋白質(zhì)組學(xué)在此類(lèi)應(yīng)用中,更多地用于提供高通量蛋白質(zhì)定性定量信息。作為檢測(cè)手段的蛋白質(zhì)組學(xué):事實(shí)上,在當(dāng)前的生...
單細(xì)胞 RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)的工作流程:?jiǎn)渭?xì)胞 RNA 測(cè)序等高通量單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)通常從針對(duì)不同瘤和組織類(lèi)型(解離、分選和分離細(xì)胞等)量身定制的實(shí)驗(yàn)工作流程開(kāi)始,然后產(chǎn)生可以比對(duì)的序列,量化、質(zhì)量控制 (QC) 過(guò)濾和以不同方式標(biāo)準(zhǔn)化,以實(shí)現(xiàn)許多下游計(jì)算...