RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學技術(shù)優(yōu)勢:相比基因芯片和標記的堿基序列的測序方法,RNA-seq具有一定的優(yōu)越性。與基因芯片相比,RNA-Seq不只可以在更高的分辨率下用來測量基因的表達水平情況,還可以揭示未知的轉(zhuǎn)錄組和拼接亞型,并為選擇性拼接亞型提供定量分析。相對于傳...
蛋白質(zhì)組學在醫(yī)療和健康方面有什么應(yīng)用?作為主要研究策略的蛋白質(zhì)組學:這與題目中的描述更相關(guān)些,蛋白質(zhì)組學是研究中的關(guān)鍵方法(甚至是唯1方法)。具體而言,蛋白質(zhì)組學在此類應(yīng)用中,更多地用于提供高通量蛋白質(zhì)定性定量信息。作為檢測手段的蛋白質(zhì)組學:事實上,在當前的生...
轉(zhuǎn)錄組學測序流程:1、樣品RNA準備。2、測序文庫構(gòu)建。3、DNA成簇(Cluster)擴增。4、高通量測序(Illumina)。5、數(shù)據(jù)分析。轉(zhuǎn)錄組的分析大致有以下幾種情況:1、同一物種在發(fā)育過程中的各時間節(jié)點的基因表達特點及存在的差異;2、不同品系之間存在...
我國科學家已經(jīng)在重大疾病如肝病、維甲酸誘導(dǎo)白血病細胞凋亡啟動模型及維甲酸定向誘導(dǎo)胚胎干細胞向神經(jīng)系統(tǒng)分化的模型等比較蛋白質(zhì)組研究以及一些重要生理和病理體系的蛋白質(zhì)組成分研究方面獲得了重要成就。蛋白質(zhì)組學的重要應(yīng)用領(lǐng)域有:在臨床疾病中的應(yīng)用、在微生物蛋白質(zhì)組學中...
蛋白質(zhì)組學技術(shù)方法介紹:蛋白質(zhì)組學技術(shù)方法:生物質(zhì)譜:生物質(zhì)譜技術(shù)是蛋白質(zhì)組學研究中比較重要的鑒定技術(shù),其基本原理是樣品分子離子化后,根據(jù)不同離子之間的荷質(zhì)比(M/E)的差異來分離并確定分子量。對于經(jīng)過雙向電泳分離的目標蛋白質(zhì)用胰蛋白酶酶解(水解Lys或Arg...
蛋白質(zhì)翻譯后修飾組學技術(shù)原理:首先將蛋白樣本酶解成肽段混合物,然后使用液相色譜對酶解后的肽段混合物進行組分分離以降低樣本復(fù)雜程度,然后通過高質(zhì)量的修飾類抗體和生物材料對修飾肽段進行富集,之后上樣至液相色譜 - 串聯(lián)質(zhì)譜中進行分析,通過相應(yīng)的數(shù)據(jù)庫檢索匹配,一次...
代謝組學技術(shù)介紹:代謝組學技術(shù)(Metabolomics) 是基因時代發(fā)展起來的系統(tǒng)生物學新技術(shù),以生物體內(nèi)所有代謝產(chǎn)物為研究對象,其主要目標是定性定量研究代謝物與機體生理病理變化之間的關(guān)系。代謝物的變化與細胞所處內(nèi)外環(huán)境密切相關(guān)。與基因組學和蛋白質(zhì)組學相比,...
翻譯后修飾蛋白組分析:蛋白質(zhì)翻譯后修飾是影響蛋白質(zhì)功能并調(diào)節(jié)整個細胞過程的重要方式,幾乎在每個細胞過程中都是不可或缺的。分析和鑒定翻譯后修飾蛋白質(zhì)對揭示蛋白質(zhì)的功能和深入了解各種生理現(xiàn)象具有重要意義。大多數(shù)翻譯后修飾蛋白以低化學計量和豐度存在,這限制了在分析全...
轉(zhuǎn)錄組學,基因組學,蛋白質(zhì)組學的區(qū)別:蛋白組學針對的是全體蛋白,組要以2D-Gel和質(zhì)譜為主,分為top-down和bottom-up分析方法。理念和基因組類似,將蛋白用特定的物料化學手段分解成小肽段,在通過質(zhì)量反推蛋白序列,之后進行搜索,標識已知未知的蛋白序...
蛋白質(zhì)組學主要以全蛋白組(組織、細胞)、線粒體蛋白組、葉綠體蛋白組和外泌體蛋白組為研究對象,通過對蛋白組進行定性、定量、分子功能分析、通路互作分析和蛋白互作分析,揭示生物學功能、作用機制、疾病診斷的標志物以及預(yù)測蛋白的上、下游變化關(guān)系。蛋白質(zhì)組學可以克服核酸水...
根據(jù)不同的作用位點,蛋白質(zhì)乙酰化修飾分為:發(fā)生在蛋白N端的乙?;揎棥l(fā)生在蛋白賴氨酸上的乙?;揎棥G罢甙l(fā)生在90%以上的真核生物新生蛋白上,對于新生蛋白的成熟和細胞定位非常重要,由N乙酰轉(zhuǎn)移酶(NATs)負責;而后者是一個可逆的過程,主要由賴氨酸乙?;福?..
定量N-糖基化蛋白質(zhì)組學:蛋白質(zhì)的N-糖基化位點修飾是重要的蛋白質(zhì)翻譯后修飾之一,主要在復(fù)雜的多細胞或組織形成過程中起關(guān)鍵作用。蛋白質(zhì)的N-糖基化修飾位點具有保守的氨基酸序列NX(S/T)(其中X為除脯氨酸以外的其它氨基酸)凝集素親和法是目前糖蛋白質(zhì)組學中應(yīng)用...
蛋白質(zhì)組研究:蛋白質(zhì)組研究是指系統(tǒng)研究在某一特定時間、特定條件下,某一種特定組織中的所有蛋白質(zhì)。對蛋白質(zhì)的研究也不只是局限于蛋白質(zhì)的氨基酸序列,而是包括了蛋白質(zhì)的表達量,蛋白質(zhì)活性,被修飾的狀況以及和其他蛋白質(zhì)或分子的相互作用情況、亞細胞定位和三維結(jié)構(gòu)。這些信...
單細胞RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學工作流程:單細胞RNA測序等高通量單細胞轉(zhuǎn)錄組學技術(shù)通常從針對不同瘤和組織類型(解離、分選和分離細胞等)量身定制的實驗工作流程開始,然后產(chǎn)生可以比對的序列,量化、質(zhì)量控制(QC)過濾和以不同方式標準化,以實現(xiàn)許多下游計算分析,例如聚...
泛素化修飾蛋白質(zhì)組學技術(shù)原理:盡管質(zhì)譜儀器的分析能力近年來有了長足的發(fā)展,但是由于蛋白翻譯后修飾化學計量值低、復(fù)雜性大,直接將蛋白組(如全細胞裂解產(chǎn)物,組織勻漿產(chǎn)物或全血清蛋白)的酶解肽段送入質(zhì)譜鑒定和定量PTM是非常困難的。因此,很多翻譯后修飾的富集方法會被...
定量蛋白質(zhì)組學分析(QuantitativeProteomics)是對一個基因組表達的全部蛋白質(zhì)或一個復(fù)雜混合體系內(nèi)所有蛋白質(zhì)進行精確鑒定和定量??捎糜诤Y選和尋找任何因素引起的樣本之間的差異表達蛋白,結(jié)合生物信息學揭示細胞生理病理等功能,同時也可對某些關(guān)鍵蛋白...
代謝組學樣本收集指南:1.血漿樣本收集:(1)從合適的靜脈采集血液(典型10mL)到標記的肝素鋰血漿收集管中(肝素鋰用作抗凝劑)。(2)立即于4 °C離心(3000g)20min,上清液即為血漿。(3)離心完畢,取出血漿收集管,取上清液(血漿),分等份(0.5...
代謝組學樣本收集植物組織:葉片、莖、花:1)取整片葉片/一段莖/一朵花,放入離心管或錫箔紙中并標記,迅速放入液氮中冷凍處理至少15 min。2)將裝有樣本的離心管迅速放入自封袋中(每組一袋),在自封袋中放入標簽紙注明樣本信息。3)迅速放入-80 ℃冰箱凍存。足...
定量蛋白質(zhì)組學技術(shù):定量蛋白質(zhì)組學是蛋白質(zhì)組研究的重要內(nèi)容,通過對基因表達產(chǎn)物——蛋白質(zhì)的定量分析,以了解基因在不同的生理、病理和逆境條件下的表達情況。近年來,隨著非凝膠技術(shù)的發(fā)展,蛋白質(zhì)組學(“Shotgun”proteomics)技術(shù),特別是多維蛋白質(zhì)鑒定...
蛋白質(zhì)翻譯后修飾加入的官能團反應(yīng)有:1、乙?;ǔS诘鞍踪|(zhì)的N末端加入乙酰。2、烷基化——加入如甲基或乙基等烷基。3、甲基化——烷基化中常見的一種,在賴氨酸、精氨酸等的側(cè)鏈氨基上加入甲基。4、生物素化——用生物素附加物令保存的賴氨酸?;?、谷氨酸化——在...
代謝組學(英語:metabolomics)是對細胞,生物流體,組織或生物體內(nèi)的小分子(通常稱為代謝物,metabolites)的大規(guī)模研究。 這些小分子及其在生物系統(tǒng)中的相互作用統(tǒng)稱為代謝組。能夠?qū)ι飿颖局械拇x物進行全方面分析的一項新興技術(shù),被定義為代謝組...
泛素化修飾蛋白質(zhì)組學樣品要求:1、動物組織的樣品量濕重不少于200mg。2、植物細菌、噬菌體等微生物類樣品量濕重不少于2g。3、富含雜質(zhì)或蛋白質(zhì)含量低的樣品量濕重不少于5g;如植物的根,木質(zhì)部、韌皮部組織等。4、體液類(唾液、羊水、腦脊液等)10mL以上,要保...
代謝組學究竟是一門什么樣的研究方向?首先定義什么是代謝組學。簡單的說就是研究生物體對內(nèi)外刺激的整體代謝應(yīng)答規(guī)律。那么為什么代謝組學是基因組,轉(zhuǎn)錄組,蛋白質(zhì)組的下游。我們研究它到底有什么意義。中心法則告訴我們了遺傳信息的流向,的執(zhí)行者蛋白質(zhì)中很多酶參與了體內(nèi)的代...
泛素化修飾蛋白質(zhì)組技術(shù)原理:首先將蛋白樣本酶解成肽段混合物,然后使用液相色譜對酶解后的肽段混合物進行組分分離以降低樣本復(fù)雜程度,然后通過高質(zhì)量的泛素化修飾類抗體和生物材料對修飾肽段進行富集,之后上樣至液相色譜-串聯(lián)質(zhì)譜中進行分析定量。技術(shù)優(yōu)勢:1、高特異性的修...
蛋白質(zhì)組研究內(nèi)容:1.蛋白質(zhì)鑒定:可以利用一維電泳和二維電泳并結(jié)合Western等技術(shù),利用蛋白質(zhì)芯片和抗體芯片及免疫共沉淀等技術(shù)對蛋白質(zhì)進行鑒定研究。2.翻譯后修飾:很多mRNA表達產(chǎn)生的蛋白質(zhì)要經(jīng)歷翻譯后修飾如磷酸化,糖基化,酶原刺激等。翻譯后修飾是蛋白質(zhì)...
代謝組學概念:基因與蛋白質(zhì)的表達緊密相連,而代謝物則更多地反映了細胞所處的環(huán)境,這又與細胞的營養(yǎng)狀態(tài),藥物和環(huán)境污染物的作用,以及其它外界因素的影響密切相關(guān)。因此有人認為,“基因組學和蛋白質(zhì)組學告訴你什么可能會發(fā)生,而代謝組學則告訴你什么確實發(fā)生了?!贝x組學...
翻譯后修飾蛋白組分析:蛋白質(zhì)翻譯后修飾是影響蛋白質(zhì)功能并調(diào)節(jié)整個細胞過程的重要方式,幾乎在每個細胞過程中都是不可或缺的。分析和鑒定翻譯后修飾蛋白質(zhì)對揭示蛋白質(zhì)的功能和深入了解各種生理現(xiàn)象具有重要意義。大多數(shù)翻譯后修飾蛋白以低化學計量和豐度存在,這限制了在分析全...
蛋白質(zhì)翻譯后修飾組學技術(shù)原理:首先將蛋白樣本酶解成肽段混合物,然后使用液相色譜對酶解后的肽段混合物進行組分分離以降低樣本復(fù)雜程度,然后通過高質(zhì)量的修飾類抗體和生物材料對修飾肽段進行富集,之后上樣至液相色譜 - 串聯(lián)質(zhì)譜中進行分析,通過相應(yīng)的數(shù)據(jù)庫檢索匹配,一次...
轉(zhuǎn)錄組分析是目前應(yīng)用比較廣的高通量測序分析技術(shù)之一。常見設(shè)計是不同樣品之間比較,尋找差異基因、標志基因、協(xié)同變化基因、差異剪接和新轉(zhuǎn)錄本,并進行結(jié)果可視化、功能注釋和網(wǎng)絡(luò)分析等。轉(zhuǎn)錄組的測序分析也相對成熟,從RNA提取、構(gòu)建文庫、上機測序再到結(jié)果解析既可以自己...
蛋白質(zhì)組學樣品寄樣要求:動物組織的樣本蛋白量相對較高,送樣量的要求也相對比較寬松,一般提供50~100mg的量即可。此外,組織上有血跡、脂肪、結(jié)締組織的還需要用PBS和組織剪將其清理干凈。送樣前將樣品用液氮速凍5min,放置在-80℃保存,送樣時需要置于干冰環(huán)...